在第一步中,亲和探针与总 RNA 混合并变性,从而促进探针接近高度结构化的目标序列。杂交在高温下进行,以确保特异性结合并最大限度地减少不希望的脱靶去除效应。捕获磁珠用于从溶液中去除与核糖体 RNA 杂交的探针。最后的纯化步骤去除所有反应成分并回收剩余的 RNA 用于下游应用(图 3)。启衡星生物可以提供任意物种的rRN...
在第一步中,亲和探针与总 RNA 混合并变性,从而促进探针接近高度结构化的目标序列。杂交在高温下进行,以确保特异性结合并最大限度地减少不希望的脱靶去除效应。捕获磁珠用于从溶液中去除与核糖体 RNA 杂交的探针。最后的纯化步骤去除所有反应成分并回收剩余的 RNA 用于下游应用(图 3)。启衡星生物可以提供任意物种的rRN...
在第一步中,亲和探针与总 RNA 混合并变性,从而促进探针接近高度结构化的目标序列。杂交在高温下进行,以确保特异性结合并最大限度地减少不希望的脱靶去除效应。捕获磁珠用于从溶液中去除与核糖体 RNA 杂交的探针。最后的纯化步骤去除所有反应成分并回收剩余的 RNA 用于下游应用(图 3)。启衡星生物可以提供任意物种的rRN...
然而,与其他序列靶向方法一样,该方法存在脱靶启动问题,且具有物种依赖性。 然而,NSR引物经常用于原核物种,poly(A)纯化不是一种选择。 除了上述基于序列的方法,一些方法利用rRNA的某些特征来消除它们。C0T杂交方法是基于热变性、再退火和DSN选择性降解。 来自丰富序列的双链cDNA优先降解,因为它们比不丰富序列更快速的...
该方法特异性高,对目标序列的脱靶影响小,但是需要对目标生物有足够的认知来设计探针,因为设计探针才是该方法高效灵敏的重要关键。 总结 总的来说,每一种方法都有其优缺点。Poly(A)富集简单高效,但不适合所有生物;DSN处理和RNase H介导的方法虽然能去除高丰度序列,但可能影响定量准确性;而杂交/捕获技术虽然精准,但...
e 使用人 gDNA 作为模板和五个靶向 TUBA1A 的引物组形成的产物的凝胶电泳图像。脱靶条带和靶条带分别以蓝色和橙色表示。 M = 标记梯子。从 100 pg 小鼠 RNA 生成的 SS2 文库的唯一映射测序读数百分比 (f) 和检测到的基因数量 (g) 的箱形图。数据显示为中位数、四分位距 (IQR) 和 1.5x IQR,每个条件 ...
e 使用人 gDNA 作为模板和五个靶向 TUBA1A 的引物组形成的产物的凝胶电泳图像。脱靶条带和靶条带分别以蓝色和橙色表示。 M = 标记梯子。从 100 pg 小鼠 RNA 生成的 SS2 文库的唯一映射测序读数百分比 (f) 和检测到的基因数量 (g) 的箱形图。数据显示为中位数、四分位距 (IQR) 和 1.5x IQR,每个条件 ...
为了避免由于siRNA对MET表达的脱靶活性引起的任何潜在的混杂效应,用相同的COMET特异性siRNA库评估了转染HEK293细胞系的沉默特异性,其表达MET但不表达COMET 。在COMET KD后没有检测出该细胞系中MET癌基因水平的变化,表明COMET特异性siRNA不影响MET癌基...
据此重新设计的circ-arRNA在内源转录本上基本消除了双链RNA区域内目标转录本上的脱靶，同时维持了较高...
创新的核糖体cDNA去除技术可以在有效维持基因代表性的同时,显著提高低于10ng RNA起始的基因检测数。分别对人脑部和心脏R-Probes处理和非处理文库进行比较分析,我们可以看到处理和非处理文库具有高度的一致性(散点图)。这表明核糖体cDNA去除技术特异针对rRNA,没有显著的脱靶效应。