通过三种不同的组学方法(ATAC-seq、RNA-seq 和蛋白质组学),鉴定了转录因子PPARα可能在肾脏代偿性肥大的过程中发挥重要的调节作用,肾脏中内源性PPARα配体水平的显著增加,可能是PPARα激活的潜在机制,接着通过在小鼠体内进行PPARα激动剂处理和基因敲除进行验证,证明了PPARα是近端小管细胞大小的重要调节因子。
总之,研究者对来自多个来源的scRNA-seq数据的重新分析与研究者的数据一致。 Tfh 样细胞、GC B 细胞和功能失调的 CD8 + T 细胞形成 TLS 由于细胞间相互作用在针对肿瘤的免疫反应中起着至关重要的作用,因此研究者将 IAC 肿瘤中的谱系归一化细胞类型频率相关联,以研究它们在肿瘤中的相互作用。值得注意的是,Tfh 样...
单细胞RNA-seq揭示了转移性肾细胞癌的异质性和抗血管生成治疗在胰腺转移性病变中的作用 北京协和医院张太平教授团队于2024年8月在《Cancer Letters》期刊发表了题为“Single-cell RNA-seq reveals heterogeneity in metastatic renal cell carcinoma and effect of anti-angiogenesis therapy in the pancreas metastatic le...
可以用来降低RNA-seq的定量偏好性,在RNA起始量低的单细胞实验中尤为适用。 Read length读长:单个测序reads的长度,short-read RNA测序得到的长度通常是50-150 bp。 Sensitivity敏感性:样本中多大比例的转录本会被测到,敏感性越高,这一比例越高。它受样本处理、文库制备、测序和计算偏好性的影响。 Specificity特异性:...
RNA-seq即转录组测序技术,就是用高通量测序技术进行测序分析,反映出mRNA,smallRNA,noncodingRNA等的表达水平。 在这里,我们回顾跨物种转录组学,重点关注细菌病原体或共生体与哺乳动物(主要是人类)宿主细胞的相互作用。 我们首先总结细菌和哺乳动物转录组学和转录组学之间的相似性和差异,然后概述当前的跨物种方法。
通过反卷积大量的rna-seq样本获得细胞类型的分数,骨髓来源的抑制细胞(MDSC)在UTI处理的样本中显著扩增。进一步的细胞-细胞间的信号分析揭示了一些信号通路,如ANEEXIN、GRN和RESISTIN可能参与了UTI的免疫调节作用。该研究结果搭建了UTI治疗...
本研究中,作者首先发现了YTHDF1表达与IFN-γ的表达和CD8+T细胞浸润呈负相关,暗示了YTHDF1在结肠癌肿瘤微环境中的作用。通过在肿瘤模型上验证和scRNA-seq、MeRIP-Eseq、RNA-Eseq和Ribo-Eseq,证明了通过m6A-p65-CXCL 1/CXCR2轴抑制抗肿瘤免疫以促进结肠癌进展。该研究于2023年1月发表在《Gut》上,IF:24.5。
大家好,今天我分享的文章是今年7月底发表在Cancer letters上的文章,"Single cell RNA-seq reveals the CCL5/SDC1 receptor-ligand interaction between T cells and tumor cells in pancreatic cancer"。 1 研究背景 胰腺导管腺癌(pancreatic ductal adenocarcinoma, PDAC)患者的预后在过去30年没有明显改善,5年总生存...
非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)的3D基因组和基因组变异在很大程度上是未知的,尽管它们在细胞功能和生理过程中起着关键作用。在正常和NAFLD小鼠的肝脏上进行高通量染色体构象捕获(Hi-C)、ONT测序和rna测序(RNA-seq)测定。生成高分辨率3D染色质相互作用图,通过Hi-C检测不同的3D基因组层次结构,包括A/B区室、拓扑相关结构...
KARR-seq还可以检测不同RNA分子之间的相互作用。通过和俄亥俄州里大学李建荣教授团队合作使用被RSV病毒或VSV病毒感染的细胞进行KARR-seq,鉴定了大量病毒RNA和宿主RNA之间的相互作用。研究人员使用反义寡核苷酸(ASO)靶向宿主mRNA上与RSV RNA结合...