我们阐明了RNA-seq在解剖时间和空间下以及单细胞水平的细胞相互作用的鉴别能力和敏感性。我们还概述了未来转录组可能回答的在宿主-微生物相互作用以及微生物疾病的治疗方案上问题。 1. 背景 宿主细胞和细菌细胞之间的相互作用是人类生理的组成部分。定殖细菌可以附着在粘膜表面或特异性地结合在上皮内壁的宿主受体上,并且...
该研究作者通过ChIP-seq和RNA-seq联合分析获得了转录因子CsAtf1的靶基因CsCyp51G1,通过研究进一步揭示了暹罗炭疽菌对咯菌腈反应的作用机制。爱基百客为该研究提供ChIP-seq、RNA-seq的技术支持。 研究思路 研究结果 一、CsAtf1调控的下游靶基因的鉴定 为了深入了解CsAtf1的调节功能,对野生型和∆CsAtf1突变株进行转录...
可以用来降低RNA-seq的定量偏好性,在RNA起始量低的单细胞实验中尤为适用。 Read length读长:单个测序reads的长度,short-read RNA测序得到的长度通常是50-150 bp。 Sensitivity敏感性:样本中多大比例的转录本会被测到,敏感性越高,这一比例越高。它受样本处理、文库制备、测序和计算偏好性的影响。 Specificity特异性:...
单细胞RNA-seq揭示了转移性肾细胞癌的异质性和抗血管生成治疗在胰腺转移性病变中的作用 北京协和医院张太平教授团队于2024年8月在《Cancer Letters》期刊发表了题为“Single-cell RNA-seq reveals heterogeneity in metastatic renal cell carcinoma and effect of anti-angiogenesis therapy in the pancreas metastatic le...
1.单细胞RNA-SEQ鉴定UVB诱导的皮肤光损伤和维生素D保护的转录谱; 2.UVB导致细胞中Hmox1和其他炎症基因的高表达; 3.维生素D减轻UVB诱导的皮肤炎症; 4.细胞通讯分析表明巨噬细胞可能在皮肤抗紫外线中起重要作用; 主要内容 1、scRNA-se...
RNA-seq即转录组测序技术,就是用高通量测序技术进行测序分析,反映出mRNA,smallRNA,noncodingRNA等的表达水平。 在这里,我们回顾跨物种转录组学,重点关注细菌病原体或共生体与哺乳动物(主要是人类)宿主细胞的相互作用。 我们首先总结细菌和哺乳动物转录组学和转录组学之间的相似性和差异,然后概述当前的跨物种方法。
非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)的3D基因组和基因组变异在很大程度上是未知的,尽管它们在细胞功能和生理过程中起着关键作用。在正常和NAFLD小鼠的肝脏上进行高通量染色体构象捕获(Hi-C)、ONT测序和rna测序(RNA-seq)测定。生成高分辨率3D染色质相互作用图,通过Hi-C检测不同的3D基因组层次结构,包括A/B区室、拓扑相关结构...
KARR-seq还可以检测不同RNA分子之间的相互作用。通过和俄亥俄州里大学李建荣教授团队合作使用被RSV病毒或VSV病毒感染的细胞进行KARR-seq,鉴定了大量病毒RNA和宿主RNA之间的相互作用。研究人员使用反义寡核苷酸(ASO)靶向宿主mRNA上与RSV RNA结合...
甲醛在RIP-seq实验中发挥关键作用，其交联特性使其更倾向于促进亲核赖氨酸残基的交联。这一特性有助于稳固保留RNA结合蛋白与RNA的相互作用，为后续实验分析提供可靠基础。紫外线交联UV光通过形成不可逆的共价键，有效地促进了蛋白质与核酸之间的交联。它具有轻微的尿苷交联倾向，但并不促进蛋白质-蛋白质之间的交联，这...
大家好,今天我分享的文章是今年7月底发表在Cancer letters上的文章,"Single cell RNA-seq reveals the CCL5/SDC1 receptor-ligand interaction between T cells and tumor cells in pancreatic cancer"。 1 研究背景 胰腺导管腺癌(pancreatic ductal adenocarcinoma, PDAC)患者的预后在过去30年没有明显改善,5年总生存...