# 安装 fastqc install.packages('fastqc') # 运行fastqc library(fastqc) fastqc("raw_data.fastq")...
接下来我们要做就是对这个矩阵进行标准化，分别计算RPKM, FPKM和TPM, 请睁大你的眼睛（为了使数值可读性更好，下面的计算中我们用10代表million）。我们先来说说RPKM怎么算。第一步先将测序深度标准化，计算方法很简单，先分别计算出每个样本的总reads数（这里以10为单位），然后将表中数据分别除以...
ATAC-SEQ实战演练的素材 链接:https://share.weiyun.com/5rYmPT1密码:dr3ub6 包括一些公司PPT,综述以及文献。测试数据下载方式也是在里面了。 ATAC-SEQ 实战演练的思维导图:文档链接:https://mubu.com/doc/2DG1mC2kdg密码:rf2n 学徒学习笔记:https://mp.weixin.qq.com/s/7wNRrpkqcuQmJ7ASlpytqw 最后是...
例如RNA-seq类的项目,审稿人经常会问:为什么没有设置生物学重复? 这不是废话嘛,谁都知道生物学重复多多益善,但是有时候还是要考虑一下科研经费……毕竟二代测序虽然在降价,但测一个样本不是喝一瓶矿泉水一般简单,毕竟还是要几千RMB的。 如果辛辛苦苦写完一篇论文,审稿人揪着没有生物学重复的问题不放,那该怎么...
RNA-seq数据分析 08：读段组装与表达定量 stringtie 3.下游数据分析 这一过程需要使用R语言，虽然服务器...
首先，RNA-seq是目前我们触手可及、应用最广的基因表达量检测技术；其次，相较之于链非特异性测序，链特异性测序对大多数人来说更复杂，更难以理解。 关于链特异性测序我之前已经有一个长篇大论谈到了这个问题： 一文阐述链特异性测序——stranded? reverse-stranded? un-stranded? ，阅读量还不错，反...
在qRT实验方面，考虑的因素有：1. 反转录cDNA的时候是用的Ransom primer还是OligodT, 是否和RNAseq反转录的方法一致。2. 引物跨内含子设计。3. RNA引物设计的特异性。引物质量的好坏可以从融解曲线来判断。当融解曲线只有一个峰，且峰狭窄而锐利时，说明引物质量高（左图）。4. qPCR反应的条件。这里有两层标准...
由于测序仪机器读长的限制,在构建文库的过程中首先需要将DNA片段化,测序得到的序列只是基因组上的部分序列。为了确定测序reads在基因组上的位置,需要将reads比对回参考基因组上,这个步骤叫做mapping。目前mapping的工具有很多,这里用的是hisat2 01 HISAT2官网下载index ...
RNASEQ中的log2FoldChange值是怎么来的 log2(mean(case))- log2(mean(control))或log2(mean(case)/mean(control)) mean(case) 指的是case样本的平均表达值;control同理; 忙,没时间解释,先记录一下。
分别是WT-raw-counts(-1,-2,-3)和lsd1-counts(-1,-2,-3),可以简单的理解为改Gene在这次测序中读到的总次数。 3) 从第八列到第十三列,分别是WT-CPM(-1,-2,-3)和lsd1-CPM(-1,-2,-3),可以简单的理解成一个是对照组WT另一个是实验组(Var2),CPM( counts per million reads)每一百万次读数该...