KEGG通路和GO富集分析结果表明，细胞骨架(actin cytoskeleton)、紧密连接(tight junctions)、粘着连接(adhere...
于2021年3月发表在CELL杂志的文章, 标题是:《 In vivo CD8+ T cell CRISPR screening reveals control by Fli1 in infection and cancer》,链接是:https://doi.org/10.1016/j.cell.2021.02.019 首先是RNA-seq…
三、比对到参考基因组 由于测序仪机器读长的限制,在构建文库的过程中首先需要将DNA片段化,测序得到的序列只是基因组上的部分序列。为了确定测序reads在基因组上的位置,需要将reads比对回参考基因组上,这个步骤叫做mapping。目前mapping的工具有很多,这里用的是hisat2 01 HISAT2官网下载index 人类和小鼠的索引有现成的...
分别是WT-raw-counts(-1,-2,-3)和lsd1-counts(-1,-2,-3),可以简单的理解为改Gene在这次测序中读到的总次数。 3) 从第八列到第十三列,分别是WT-CPM(-1,-2,-3)和lsd1-CPM(-1,-2,-3),可以简单的理解成一个是对照组WT另一个是实验组(Var2),CPM( counts per million reads)每一百万次读数该...
植物单细胞原生质体难制备怎么办?植物抽核帮你忙 植物各个组织中单个细胞协同作用赋予植物组织不同的功能。单细胞测序技术应用于植物,有助于揭示植物发育和胁迫适应所涉及的基本细胞活动。基于微流体的单细胞RNA-seq(scRNA-seq)方法的最新进展,可以研究任何特定生物体在细胞分辨率下的转录变化。在以动物为基础的研究中...
2,系统学生信,一次学到位,包教包会。 3,二个月从零基础开始,精细化讲解 将生信内容全部学懂(理解)、学会(会敲代码分析)、学透彻(站在顶层设计角度理解)、学以致用(用到自己的标书申请和文章发表中) ② 授课老师 华哥:中山大学博士 指导过多篇CNS文章生信分析 参与多项国自然重点、国家重大专项、孔雀计划等...
首先，RNA-seq是目前我们触手可及、应用最广的基因表达量检测技术；其次，相较之于链非特异性测序，链特异性测序对大多数人来说更复杂，更难以理解。 关于链特异性测序我之前已经有一个长篇大论谈到了这个问题： 一文阐述链特异性测序——stranded? reverse-stranded? un-stranded? ，阅读量还不错，反...
测序深度是指对RNA样本进行测序的覆盖率，即平均每个转录本被测序读取的次数。测序深度影响基因表达水平的估计准确性和检测低丰度转录本的能力。高测序深度可以提高数据的分辨率，但随之而来的是成本的增加。增加生物重复通常比增加测序深度更能提高研究的统计功效，尤其是在鉴定基因表达差异时。在有限的预算下...
具体来说,第二种思路需要根据表型结果,通过文献总结,确定下来一个基因集合,然后和你的差异基因取交集。至于怎么确定这个基因集合,以本文为例,表型是免疫抑制表型,那么可以通过文献汇总报道过的免疫抑制分子,常见的方法是,可以找综述,很多综述都有总结,找几篇最新的综述,基本可以定下来。