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RNAseq热图解读 热图(heatmap)是对实验数据分布情况进行分析的直观可视化方法,可以用来进行基因表达差异的全局展示,还可以对数据和样品进行聚类。 为什么要叫热图呢?因为它用不同的颜色来表示数值的大小,通常来说,用暖色(红色)表示数值大,冷色(蓝色)表示数值小。0 0 发表评论 发表 作者最近动态 童梦列车的轨道 2025...
第三代测序,同样主要是指通过化学合成法进行大规模边合成边测序,不同之处在于,可以实现对每一条DNA或RNA分子进行单独测序。每个反应所读取的序列长度(读长)变得更长,甚至可达到10000个核苷酸。 RNA-seq数据可以让我们知道很多未知的东西,比如,我们可以识别出...
1.TCGA RNA-seq数据更新情况 2022年3月29日,GDC官网(https://portal.gdc.cancer.gov/)发布了新的更新版本(Data Release 32.0)数据。此次数据更新范围广、变化大,导致许多网上的教程一夜之间不再直接可用。 具体的更新情况,在官网页面(https://docs.gdc.cancer.gov/Data/Release_Notes/Data_Release_Notes/)有详...
基于这些结果,作者建议在分析大量样本的RNA-seq数据时应当使用Wilcoxon秩和检验。 来源:假面骑士Revice中配版 相信对RNA-seq分析熟悉的朋友们看到这样一篇文章都会大吃一惊吧,DESeq2和edgeR都是经过了众多benchmark study的考验和实践验证的优秀软件,这样的结果显然颠覆了大家平日的认知。然而,在听从作者给出的建议之前...
高通量单细胞RNA-Seq,长读长的那种! 在有些研究场景下,长读长测序(long-read sequencing)方法相比传统的短读长测序(short-read sequencing)方法,会是一个更好的选择。长读长测序文库构建操作相对简便。需要多次重复构建文库时,长读长测序也不需面对短读长测序那样复杂繁琐的操作流程。此外,长读长测序建库过程中,...
最近的研究证明了单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术在鉴别肺纤维化的人及小鼠肺内原纤维性巨噬细胞中的研究价值,本文利用scRNA-seq提供了复杂精确的细胞表达图谱,并证实了IPF的三个主要细胞群(上皮、内皮和间质)中畸变细胞群的多样性。 研究路线 研究结果 1. 构建细胞类型图谱...
RNA-seq结果图片如何解读?(第一弹) 测序项目完成,我们会获得大量的数据,包括有很多图片在内。当然,对于熟悉生物信息分析的大神而言,这些图片太easy。但是,在科研岗位上,还有很多生信小白。。。所以我们还是来讲一下如何解读这些结果图片。 在RNA-seq项目中,常见的结果...