RNA-seq报告解读, 视频播放量 1498、弹幕量 1、点赞数 54、投硬币枚数 17、收藏人数 231、转发人数 19, 视频作者 吉凯基因, 作者简介 吉凯基因B站唯一官方号,您的科研小助手,相关视频:全基因组测序WGS报告解读,亚细胞定位分析,WGCNA分析,GO气泡图,0基础入门—非编码R
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RNA-seq是一种集合实验方法和计算机手段的一种技术,它可以确定生物样本中RNA序列的特征性和丰度,也就是说,存在于每条单链RNA分子中的腺嘌呤、胞嘧啶、鸟嘌呤和尿嘧啶核糖核酸残基的组成顺序,可以通过RNA测序被识别出来。RNA-seq中的实验方法涉及从细胞、组织...
1.TCGA RNA-seq数据更新情况 2022年3月29日,GDC官网(https://portal.gdc.cancer.gov/)发布了新的更新版本(Data Release 32.0)数据。此次数据更新范围广、变化大,导致许多网上的教程一夜之间不再直接可用。 具体的更新情况,在官网页面(https://docs.gdc.cancer.gov/Data/Release_Notes/Data_Release_Notes/)有详...
无偏的SCRNA-SEQ能够从从头发现具有不同特征的细胞类型。确实,鉴定出具有特定分子标记的几种神经元亚型从的数据集。例如,发现编码视黄酸结合蛋白的CrabP1在GABA12簇中高度表达(图7a)。ISH和抗体染色都支持PAX6+神经元在Zona Incerta(ZI)中的定位(图7C),这是一个下丘脑区域,其细胞组成和功能知之甚少。在下丘脑中...
首先,我们需要从TCGA数据库下载RNAseq数据,通常这些数据以TSV(制表符分隔值)格式存储。下载的数据文件一般包含样本ID、基因名以及相应的表达量。 R语言读取TSV数据 在R中,我们可以使用read.csv或read.table函数来读取TSV文件。以下是一个示例代码,用于读取TCGA的RNAseq数据: ...
最近的研究证明了单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术在鉴别肺纤维化的人及小鼠肺内原纤维性巨噬细胞中的研究价值,本文利用scRNA-seq提供了复杂精确的细胞表达图谱,并证实了IPF的三个主要细胞群(上皮、内皮和间质)中畸变细胞群的多样性。 研究路线 研究结果 1. 构建细胞类型图谱...
瞒不住了!高通量单细胞RNA-Seq,长读长的那种! 在有些研究场景下,长读长测序(long-read sequencing)方法相比传统的短读长测序(short-read sequencing)方法,会是一个更好的选择。长读长测序文库构建操作相对简便。需要多次重复构建文库时,长读长测序也不需面对短读长测序那样复杂繁琐的操作流程。此外,长读长测序...
随着高通量测序技术的快速发展,基于转录组测序(RNA-Seq)的转录组分析已经广泛应用于肿瘤、感染和自身免疫等不同疾病状态下的分子水平研究。发展一套基于RNA-Seq数据的免疫细胞组分预测模型,可以为测序数据提供免疫细胞层面的解读视角,具有非常重要的应用价值。近日,苏州系统医学研究所苏吴爱平教授和秦晓峰教授合作,发布了...