pip install ipykernel (一)如何获取细胞测序的raw data(原始数据获取) wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.10.0/sratoolkit.2.10.0-ubuntu64.tar.gz tar -zxvf sratoolkit.2.10.0-ubuntu64.tar.gz # 解压文件 cd sratoolkit.2.10.0-ubuntu64/bin # 转到对应目录 echo...
分析展示你的RNA-seq数据,从这里开始(文末附代码) 我是五百君,今天给大家分享一些入门RNA-seq的心得。 公司用illumina测序对建好库的RNA样品进行测序后,会得到一堆后缀为fastq.gz的Rawdata。然后在经过公司或者实验室人员将Rawdata进行比对后,得到了表达矩阵的数据。那么怎么对这几万个基因进行分析呢?有什么策略可以...
在这里,我们将主要将此处理阶段称为“原始数据处理raw data processing”,我们的重点将放在数据分析阶段,该阶段从lane-demultiplexed的FASTQ文件开始,最后得到一个计数矩阵,表示每个量化细胞内每个基因产生的不同分子的估计数量(图 2.1)。 然后,该计数矩阵可作为多种方法的输入,这些方法已开发用于使用 scRNA-seq 数据进...
分析展示你的RNA-seq数据,从这里开始 我们自己将准备好的样品送到公司做转录组测序后,会得到一堆后缀为fastq.gz的Rawdata。然后在经过公司或者实验室人员将Rawdata进行比对后,得到了表达矩阵的数据。那么怎么对这几万个基因进行分析呢?有什么策略可以看到你想看到的东西呢? 一. 处理数据之前,我们先要了解数据类型,...
fastq-dump是sratoolkit.2.10.8的子工具,我们需要把下载的数据sra格式转换为fastq格式。 FASTQ格式是将核酸序列与其测序质量得分信息合并在一起的文本格式。质量得分是指该碱基的错误概率的对数值。 在FASTQ文件中,一个序列通常由四行组成: 第一行:@开头,后面是序列描述信息(与FASTA格式的描述行类似) ...
这里不建议通过GEO上传raw data,直接去SRA数据库。 不要用ftp,除非你的网速和机器十分优秀和稳定,否则建议用aspera。【我用ftp就一直被ncbi拒绝连接】 构建好project喝sample之后,填好sra中fastq与sample的对应关系就可以开始上传了。 注意:填表的时候一个biosample最多只能有256个fastq文件,如果超过了就必须分批上传...
1、原始数据质控以原始数据为研究对象,采用Fastp软件对于低质量序列,未检测序列,接头序列进行过滤,并对于过滤前后数据的碱基质量、GC含量、长度分布、接头留存和Duplication比率等指标进行分析。图1中部分展示了raw data质控结果。 碱基质量结果图 注:左图横坐标代表碱基位点,纵坐标代表碱基质量值,不同颜色曲线代表不同碱...
Data analysis 初始raw data,一份完整的raw data 由四行组成。 第一行:由@开头,代表了一个unique ID。 第二行,sequence fragment包含的碱基 第三行,一个+ 第四行,quality score filter out garbage reads; reads with low quality score reads with artifact of chemistry (也就是说要去掉adaptor的干扰) ...
RAWDATA="$WORKING_DIR/rawdata" ## genome GENOME="$WORKING_DIR/genome.fa" ## transcriptome GTF="$WORKING_DIR/genes.gtf" ## threads THREADS=8 ### Quality Control ### ## executable file for fastqc FASTQC="/public/ptbus/home/zhumy/software/FastQC/fastqc...
raw count作为原始的read计数矩阵是一个绝对值,而绝对值的特点是规模不同(基因长度、测序深度),不可以比较。进行这些基因标准化方法的目的是将count矩阵转变为相对值,去除技术偏差的影响,使后续的差异分析具有统计学的意义。 参考资料 A comprehensive evaluation of normalization methods for Illumina high-throughput R...