GSEA与前述富集分析的区别是,GSEA将全部基因表达差异情况(不管变化倍数多少,上调还是下调)统统输入,GSEA算法在此基础上评估可能的通路。 在R中可以通过clusterprofiler包的两个函数实现,即GSEA()或gseKEGG() library(GSEABase) library(enrichplot) library(clusterProfiler) library(org.Hs.eg.db) DEG <- read.table...
A可以利用差异对比组的FPKM进行计算,以R和G来表示差异对比组的话,可以取R组基因的平均FPKM和G组基因的平均FPKM进行计算。 二、MA图绘制 1. 数据准备(IL-1B_1_IL-1B_2_vs_Cu5_1_Cu5_2.all.xls): 第一列为基因ID,*_FPKM为样品FPKM值(列名必须包含"FPKM"),倒数第二列列为FDR,最后一列列为log2FC...
# 安装并加载所需的R包# if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))# install.packages("BiocManager")## BiocManager::install("GEOquery")library(GEOquery)# 用GEOquery包来下载 ExpressionSet 对象eSet_GSE13861<-getGEO("GSE13861",destdir='.')eSet_GSE26899<-getGEO("GSE26899",destdir='.')# ...
需要的R包:limma,edgeR,gplots,org.Mm.eg.db,EDASeq,RColorBrewer,GO.db,BiasedUrn,DESeq2,Glimma,Rsubread. 这里我们推荐使用Bioconductor安装以上这些包,要注意的是Bioconductor更新后,将R包安装的功能转移到BiocManager::install,见下: >source("http://bioconductor.org/biocLite.R")Error:With R version3.5or...
Warning messages:1:程辑包‘tidyverse’是用R版本4.2.3来建造的2:程辑包‘ggplot2’是用R版本4.2.3来建造的3:程辑包‘tibble’是用R版本4.2.3来建造的4:程辑包‘tidyr’是用R版本4.2.3来建造的5:程辑包‘readr’是用R版本4.2.3来建造的6:程辑包‘purrr’是用R版本4.2.3来建造的7:程辑包‘dplyr...
了解如何使用R语言进行数据分析 1. 简介 在过去的十年中,RNA-seq已成为转录组差异表达基因和mRNA可变剪切分析不可或缺的技术。正确识别哪些基因或转录本在特定条件下的表达情况,是理解生物反应过程的关键。 在本教程中,将借助许多R包,带你进行一个完整的RNA-seq分析过程。将从读取数据开始,将伪计数转换为计数,执行...
DGEList列表对象是我们在课程中之前未见过的一个R类对象。这些对象在一个列表项中携带计数数据,同时在其他列表项中携带其他“元数据”信息。 例如,在y中,列表项y$counts是一个包含计数数据的矩阵。 使用DGEList函数创建对象y是为了适应edgeR包的分析流程。edgeR是一个专门用于差异表达分析的R包,它要求数据以DGEList对...
o读取表达矩阵 RNA-seq R语言方法一:1.从geo页面直接下载表达矩阵,然后通过r读取表达矩阵 2.利用getgeo函数读取表达矩阵 3.利用geo自带的geo2r,调整p值为1,获取探针和基因名的对应关系 1 #http://zouyawen.top/2020/10/09/%E8%BD%AC%E5%BD%95%E7%BB%844/ ...
在教师节收到学生提问,刷我B站74小时视频的时候看到我演示了RNA-seq差异分析只用了一行代码就完成了3大R包的全部分析,并且输出了对应的图表结果,觉得很神奇,但是B站视频并没有配套讲义和代码还有测试数据。 首先我一直使用airway数据集做测试 airway数据集这里我就不多说了,搜索生信技能树早期教程可以看到很多介绍,使...
使用DGEList函数创建对象y是为了适应edgeR包的分析流程。edgeR是一个专门用于差异表达分析的R包,它要求数据以DGEList对象的形式输入。这个对象结构不仅包含了原始的计数数据,还可以包含实验设计信息、样本分组等元数据,这些对于后续的统计分析和模型拟合至关重要。