我是五百君,今天给大家分享一些入门RNA-seq的心得。 公司用illumina测序对建好库的RNA样品进行测序后,会得到一堆后缀为fastq.gz的Rawdata。然后在经过公司或者实验室人员将Rawdata进行比对后,得到了表达矩阵的数据。那么怎么对这几万个基因进行分析呢?有什么策略可以看到你想看到的东西呢? 一.处理数据之前,我们先要...
by:superqun一、流程概括RNA-seq的原始数据(raw data)的质量评估linux环境和R语言环境raw data的过滤和清除不可信数据(clean reads)reads回帖基因组和转录组(alignment)计数(count )基因差异分析(Gene DE…
g. 将raw count除以每列的标准化因子,得到标准化后的矩阵。 看起来有些复杂,但其实你只要输入count,这个软件一步就能完成。你只要记得,deseq2只是一个差异分析的软件,就是类似于做方差分析的软件一样,只不过其通过log变换和中位数挑选来排除异常值的影响。 deseq2矫正的原理可以看原北卡罗来纳大学教堂山分校的...
也就是说,测rRNA,它得到的数据,并不能为实验者提供什么有用的信息,而mRNA才是RNA当中信息含量最丰富的那个部分。 我们一般的RNA-seq要测的,也是mRNA的各种变化,所以,在实验过程当中,我们一般要把核糖体RNA先去掉。然后再进行建库测序。 去除核糖体RNA,并进行建库的方法有许多种。目前应用最广泛的是illumina公司的...
在这里,我们将主要将此处理阶段称为“原始数据处理raw data processing”,我们的重点将放在数据分析阶段,该阶段从lane-demultiplexed的FASTQ文件开始,最后得到一个计数矩阵,表示每个量化细胞内每个基因产生的不同分子的估计数量(图 2.1)。 然后,该计数矩阵可作为多种方法的输入,这些方法已开发用于使用 scRNA-seq 数据进...
酵母(Saccharomyces cerevisiae)细胞,单条线性染色体的RNA-seq数据分析 1 prefetch下载数据 使用:把sratoolkit.2.10.8/bin加入环境变量使用相对路径;调用prefetch的绝对路径。 如果数据过大,可加参数--max-size 100G vim download_data.sh #!/bin/bash for i in `seq 4 1 9` do prefetch-orig.2.10.8 `srapat...
http://eqtl.uchicago.edu/RNA_Seq_data/unmapped_reads/ 下载4个fastq.gz数据即可,毕竟只是学习下这个分析流程。下载方式和之前一样,或者命令行,或者xunlei,或者浏览器都可以。 04 比对 将RNAseq Rawdata与参考基因组进行比对,比对产生的文件为BAM格式文件 ...
ftp的代码: 1 2 3 4 5 6 open ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov ncftp -u geoftp ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov cd uploads/ellylab_0zSn02Ma lcd /home/lizhixin/project/scRNA-seq/rawData/SAG_HCO.upload.ncbi put -R geo_submission_2020Mar30...
转录组测序(RNA-Seq)的研究对象是特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有mRNA的总和。新一代高通量测序技术能够全面快速的获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的几乎所有转录本序列信息,从而准确地分析基因表达差异、基因结构变异、筛选分子标记(SNPs或SSR)等生命科学重要问题。
初始raw data,一份完整的raw data 由四行组成。 第一行:由@开头,代表了一个unique ID。 第二行,sequence fragment包含的碱基 第三行,一个+ 第四行,quality score filter out garbage reads; reads with low quality score reads with artifact of chemistry (也就是说要去掉adaptor的干扰) ...