由于STAR 软件使用的 MAPQ 标准与 GATK 不同,而且比对时会有 reads 的片段落到内含子区间,需要进行一步 MAPQ 同步和 reads 剪切,使用 GATK 专为 RNA-seq 应用开发的工具SplitNCigarReads进行操作,它会将落在内含子区间的 reads 片段直接切除,并对 MAPQ 进行调整。 DNA 测序的重测序应用中也有序列比对软件的 M...
mkdir-p${result}/${sn}#使用Gatk IntervalListTools拆分interval,拆分数量为${envis.scatter}${tools.gatk}IntervalListTools\--SCATTER_COUNT=${envis.scatter}\--SUBDIVISION_MODE=BALANCING_WITHOUT_INTERVAL_SUBDIVISION_WITH_OVERFLOW\--UNIQUE=true\--SORT=true\--INPUT=${refs.interval}\--OUTPUT=${result}...
常用于基因组变异检测的方法,如SAMtools mpileup和GATK的HaplotypeCaller,也可应用于RNA-seq数据。为了考虑RNA-seq数据,GATK应用了RNA特异性过滤步骤以处理RNA剪接。本文将GATK最佳实践工作流程用于RNA-seq数据的性能与使用TopHat、STAR、HISAT2或RASER50计算的比对结果相结合的SAMtools进行比较。RASER是一个专门设计用于准确...
--outSAMmapqUnique 60:将uniquely mapping reads的MAPQ值调整为60,满足下游使用GATK进行分析的需要。--readFilesCommand:对FASTQ文件进行操作。--readFilesIn:输入FASTQ文件的路径。 4.表达定量 featureCounts 需要两个输入文件:比对产生的BAM/ SAM文件、区间注释文件。 对于区间文件而言,支持以下两种格式:GTF 格式、...
RNA变异（SNP和Indel）检测的重要性正在逐步被大家所认可。相比于DNA变异，RNA的变异对于异常蛋白的生成有着更加直接的意义，因此在临床上的应用也开始被大家所接受。相对的，加速分析的重要性也在凸显，因为这直接关系到受试者能否及时得到准确的检测结果。与DNA变异检测类似，RNA的变异检测流程同样遵循业界的金标准GAT...
RNA_seq GATK 最佳实践 GATK处理DNA 水平的snp 经验比较成熟,而RNA 水平较少,所以可能会存在错误 目前的流程兼顾了假阳性(不是真的snp位点)和假阴性(该位点是snp,却没有检测到);后续会不断改善 GATK SNP calling pipeline 分成3个部分: 1)DATA CLEANUP...
使用 GATK HaplotypeCaller(4.3.0)进行变异检测,过滤掉映射质量低于 20、读数深度小于 5 以及 35bp 窗口内有三个或更多变异的位点。利用 vcftools(0.1.16)和 SnpSift(5.1d)排除 RNA 编辑位点和 LCRs 区域的变异。通过 1000 Genomes 项目第三阶段、gnomAD r2.1.1 和 dbSNP v156 数据库过滤常见变异,并去除在超过...
与DNA变异检测类似,RNA的变异检测流程同样遵循业界的金标准GATK流程,包括了STAR比对,去重,RNA split的处理,Indel重比对(可选),BQSR,以及最终的变异检测等多个步骤。在本次的流程搭建中,我们利用Sentieon最新开发的STAR加速模块,与其他可用加速模块一起,完成了全流程的RNA变异检测流程的搭建工作。
Sentieon为完整的纯软件基因变异检测二级分析方案,其分析流程完全忠于BWA、GATK、MuTect2、STAR、Minimap2、Fgbio、picard等金标准的数学模型。在匹配开源流程分析结果的前提下,大幅提升WGS、WES、Panel、UMI、ctDNA、RNA等测序数据的分析效率和检出精度,并匹配目前全部第二代、三代测序平台。
这一步是跟WGS有点不一样,GATK使用专门给RNA-Seq开发的SplitNCigarReads工具,将落在外显子上的reads分离出来同时去除N错误碱基(getting rid of Ns but maintaining grouping information),并去除掉落在内含子区域的reads,以减少假阳性变异;这工具还使用ReassignOneMappingQuality将STAR软件产生的比对质量标准MAPQ转化为GA...