AI代码解释 #创建一个变量star_length,值为read_length的值-1.letstar_length=${envis.read_length}-1#如果该star_length前缀的目录不存在,说明没有创建过索引,首先创建索引if[!-d"/opt/ref/RNA/$star_length-1-pass-index"];thenmkdir-p/opt/ref/RNA/$star_length-1-pass-index${tools.STAR}--runMod...
2.不要只告诉GATK团队你在遵循最佳实践——准确描述你在做什么。3.包括相关细节,例如平台、DNA-或RNA-Seq、WES(+捕获试剂盒)或WGS(无PCR或PCR+)、配对或单端、读取长度、预期平均覆盖率、体细胞数据等。4.对于工具错误,包括您运行的完整命令和stacktrace (_i.e.;如果终端输出中有一长堆不可读的软件官样文章)...
由于STAR 软件使用的 MAPQ 标准与 GATK 不同,而且比对时会有 reads 的片段落到内含子区间,需要进行一步 MAPQ 同步和 reads 剪切,使用 GATK 专为 RNA-seq 应用开发的工具SplitNCigarReads进行操作,它会将落在内含子区间的 reads 片段直接切除,并对 MAPQ 进行调整。 DNA 测序的重测序应用中也有序列比对软件的 M...
RNA和DNA由于数据特征不同,应选用不同的比对软件来做alignemnt,DNA数据我一般选用bwa,而RNA-seq由于有剪切位点的存在,一般用STAR来进行比对。 不同比对软件产生的bam文件略有不同,bwa会在命令行中注释RG,里面写明白了样本名(SM),样本ID,library(LB,一般填数据类型)和测序平台(PL),这个非常重要,因为后续很多步骤...
Gatk RNA -Seq Germline spns-indels Pipeline 来分析鼻咽癌(NPT) 分析流程如下: GATK版本的是这样的 数据 从NCBI上下载转录组数据,访问链接为: https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/?acc=SRP058243&o=acc_s%3Aa 第一个样本的数据下载链接如下: ...
RNA_seq GATK 最佳实践 GATK处理DNA 水平的snp 经验比较成熟,而RNA 水平较少,所以可能会存在错误 目前的流程兼顾了假阳性(不是真的snp位点)和假阴性(该位点是snp,却没有检测到);后续会不断改善 GATK SNP calling pipeline 分成3个部分: 1)DATA CLEANUP...
通常NGS(Next Generation Sequencing)数据是指: WGS(whole genome sequencing), WES(whole exonme sequencing), RNAseq(RNA sequencing), scRNAseq(single cell RNA sequencing), chip-seq, ATACseq等等通过二代测序平台,产生的高通量数据。 Construction of Library for DNA/RNA ...
最初,GATK被设计用来分析人类基因组和外显子,主要用来寻找SNP和indel。后开,GATK的功能越来越丰富,增加了short variant calling、*Copy number variation(CNV)和结构变异(SV)*等新功能。同时,GATK也越来越广泛地应用于其他物种的数据分析中。现在,GATK已经成为了基因组和RNA-seq分析过程中,寻找变异的行业标准。
GATK、Samtools、Platpus等这种利用贝叶斯原理的变异检测算法都是认为所用的序列数据都不是重复序列(即将它们和其他序列一视同仁地进行变异的判断,所以带来误导),因此必须要进行标记(去除)或者使用PCR-Free的测序方案(这个方案目前正变得越来越流行,特别是对于RNA-Seq来说尤为重要,现在著名的基因组学研究所——Broad ...
(1)对GATK的测试主要使用的是人类全基因组和外显子组的测序数据,而且全部是基于illumina数据格式,目前还没有提供其他格式文件(如Ion Torrent)或者实验设计(RNA-Seq)的分析方法。 (2)GATK是一个应用于前沿科学研究的软件,不断在更新和修正,因此,在使用GATK进行变异检测时,最好是下载最新的版本,目前的版本是2.8.1...