AI代码解释 #创建一个变量star_length,值为read_length的值-1.letstar_length=${envis.read_length}-1#如果该star_length前缀的目录不存在,说明没有创建过索引,首先创建索引if[!-d"/opt/ref/RNA/$star_length-1-pass-index"];thenmkdir-p/opt/ref/RNA/$star_length-1-pass-index${tools.STAR}--runMod...
这是GATK Best Practice系列学习文章中的一篇,本文尝试使用:Gatk RNA -Seq Germline spns-indels Pipeline 来分析鼻咽癌(NPT)分析流程如下: GATK版本的是这样的 数据从NCBI上下载转录组数据,访问链接为: https…
写的数据预处理snakemake流程其实包括在每个单独的分析中比如种系遗传变异和肿瘤变异流程中,这里单独拿出来做演示用,因为数据预处理是通用的,在call变异之前需要处理好数据。 数据预处理过程包括,从fastq文件去接头、比对到基因组、去除重复、碱基质量校正,最后得到处理好的BAM或CRAM文件。 fastq去接头 fastq产生的报告jso...
值得注意的是 GATK Best Practices 也进行了更新:https://software.broadinstitute.org/gatk/best-practices/下面我就会对自己的数据走一波这些流程。 Data Pre-processing Germline SNPs + Indels Somatic SNVs + Indels RNAseq SNPs + Indels Germline CNVs Somatic CNVs 虽然有最佳实践指导手册,但是不同的数据毕竟...
Our benchmarks show that elPrep 4.0.0 executes the sort/deduplicate/recalibrate and apply-BQSR-pipeline from the GATK Best Practices up to 12x faster for WES data and 7.5x faster for WGS data, while utilising similar or fewer compute resources than Picard/GATK4. ...
RNAseq , 这些还是得靠自己把握。 下载必备文件 一般来说,可以选择最新版人类参考基因组了,如果你实在有其它需求,也可以自行选择其它版本。 mkdir -p ~/biosoft/GATK/resources/bundle/hg38 cd ~/biosoft/GATK/resources/bundle/hg38 ## ftp://ftp.broadinstitute.org/bundle/hg38/...
值得注意的是 GATK Best Practices 也进行了更新:https://software.broadinstitute.org/gatk/best-practices/ 下面我就会对自己的数据走一波这些流程。 Data Pre-processing Germline SNPs + Indels Somatic SNVs + Indels RNAseq SNPs + Indels Germline CNVs ...
workflow pipeline nextflow rnaseq rna variant-calling nf-core gatk4 worflow Updated Apr 14, 2025 Nextflow digo4 / Clinical-Genomics Star 39 Code Issues Pull requests Here we are going to discuss variant calling on human datasets using GATK Best practices pipeline picard samtools bwa-mem var...
GATK是由Broad institute开发的用于变异检测(例如: SNP, Indel等)高通量测序数据. 目前GATK已经被广泛应用于人类以及哺乳动物从WGS (Whole Genome Sequencing) 数据中检测遗传变异。本文讲展示如何使用GATK官方提供的Best Practice对群体RNA-Seq数据进行变异检测。
文献_2013-GATK3-UNIT 11.10 From FastQ Data to High-Confidence Variant Calls-The Genome Analysis Toolkit Best Practices Pipeline.pdf 关闭预览 想预览更多内容,点击免费在线预览全文 免费在线预览全文 From FastQ Data to High-Confidence UNIT 11.10 Variant Calls: The Genome Analysis Toolkit Best Practice...