RNA-seq即转录组测序技术(Transcriptome sequencing),广义的定义为:对细胞内所有RNA(包括rRNA/ tRNA/ mRNA等)进行高通量测序,狭义的定义为:对细胞内mRNA进行高通量测序,临床检验实验室指的一般为狭义的转录组测序。 融合基因 融合基因(Fusion genes , FG)是...
近年来,国内外多个权威机构和组织发布了关于RNA-seq在血液肿瘤中的应用指南和共识,包括美国国立卫生研究院(NIH)发布的《RNA-seq数据质量评估指南》、美国病理学家协会(CAP)发布的《转录组测序分析指南》、中国细胞生物学学会发布的《高通量测序技术细胞基因组学分析实验室工作规范》等,不仅强调了转录组测序技术在血液肿...
这些发现表明,单个胶质母细胞瘤肿瘤细胞中RTKs和其他信号分子的异质性表达和/或突变状态可能会影响到针对受体免疫原性或RTK信号的治疗方法。 我们接下来使用层次聚类和主成分分析(PCA)来定义四个元特征,每个特征由多个相关聚类组成,这些聚类在特定肿瘤的...
胰导管腺癌(Pancreatic ductal adenocarcinoma, PDAC)是最常见的胰腺癌类型,其特点是肿瘤内高度异质性和不良预后。为了全面描述PDAC肿瘤内异质性及其潜在原因,本研究利用单细胞RNA-seq (scRNA-seq)从原发性PDAC肿瘤和对照胰腺中获得了57,530个胰腺细胞的转录组图谱,并鉴定出不同的恶性细胞和间质细胞类型,包括两个导管...
肿瘤细胞组成复杂包括多种恶性和非恶性细胞,这些细胞的多样性以及细胞间的相互作用影响肿瘤的发生发展和耐药性。通过单细胞转录组技术可以描绘肿瘤环境中的细胞类型、状态、遗传多样性和细胞间相互作用。 单细胞RNA-seq(scRNA-seq)和单细胞核RNA-seq(snRNA-seq)是肿瘤组织进行单细胞测序的两种主要方法。其中scRNA-seq需...
许多由超级增强子调控的致癌基因在肿瘤中以异常高的水平表达。我们在HeLa、HCT-116和MCF-7细胞中过表达EphA2。结果显示，EphA2- se缺失显著抑制了细胞的生长，而过表达EphA2挽救了EphA2SE缺失导致的缓慢增殖。EphA2-SE敲除导致细胞周期阻滞G1/S期或G2/M期，与细胞增殖结果一致。前期研究表明EphA2与p-AKT相关，而...
在肿瘤发展过程中,人们认为,在肿瘤发生过程中,恶性转化细胞首先受到自然杀伤(NK)细胞和巨噬细胞等先天免疫细胞的监视,然后CD8 + T细胞被激活并充当主要的肿瘤杀伤效应细胞。其他免疫细胞在癌症发生和进展中的作用相对较少被了解。新兴研究揭示了 CD4 + T 滤泡辅助细胞 (Tfh)、B 细胞及其相互作用(三级淋巴结构 [TLS...
2.体外进化重现了肿瘤中臂水平的事件 虽然全染色体事件对肿瘤(尤其是肾癌)的CNA谱有明显的贡献,但臂水平和亚臂水平的事件往往有着更大的贡献。因此,作者利用体外进化进行了第二次筛选,以允许非整倍体HMEC克隆自发产生和自选的新CNAs,包括臂水平事件(图2a)。作者对来自第一次筛选中 扩增的HMEC非整倍体克隆进行了...
批量RNA测序(bulk RNA-seq)可以在给定时间内揭示肿瘤中所有基因和TME的存在及数量,但如果没有细胞反卷积技术,仅凭总RNA表达量无法确定单个RNA分子的细胞起源。近期,科研人员开发了基于深度学习的反卷积方法,但这些方法往往需要对相同组织类型的单细胞RNA-seq数据或配对流式细胞仪数据进行再训练,这限制了其临床应用。
升级版血液肿瘤RNA-seq,可以同时进行染色体拷贝数变异分析(倍体分析),联合融合基因和基因表达分析将大大增加了RNA-seq 检测对于ALL 亚型精准诊断和预后评估作用。 金域医学在血液病领域已耕耘超过10年,拥有齐全的MICM平台,在广州、上海、天津、郑州、成都搭建了五大血液病诊断中心,可提供ctDNA、RNA测序和单细胞测序等超...