在TPM结果中:在每个样本的reads总数相同的情况下(总体相同),更能清楚的知道,rep1中匹配到基因A的reads数比例(3.33)多于rep3中匹配到基因A的reads数比例(3.326)。 在RPKM结果中:在每个样本的reads总数不相同的情况下(总体不相同),不能直接比较不同样本间每个基...
在输出的结果中,一共包含了3个不同板块的结果内容: 1. 表格总结了不同阈值组合下差异表达基因数目可以看到,在该表格中展示了在不同的pvalue和FC组合下所得到的差异表达基因数量。2. 通过3D图形展示分析结果结果显示:3. 使用2D图形展示分析结果结果显示:...
clusterProfiler 的可视化一般只支持 clusterProfiler 富集分析结果的可视化，通过认识 clusterProfiler 可视化接受...
在RNA-seq项目中,常见的结果图片包括:火山图、韦恩图、聚类热图、log2(ratios)折线图、有向无环图、散点图、代谢通路图、蛋白互作网络图等等。 本期,我们先来看看火山图、韦恩图、聚类热图和折线图。 火山图 RNA-seq中,火山图(Volcano Plot)显示了两个重要的指标:fold change和校正后的p value,利用T检验分析...
CNS图表复现之旅前面我们已经进行了10讲,你可以点击图表复现话题回顾。如果你感兴趣也想加入交流群,自己去:你要的rmarkdown文献图表复现全套代码来了(单细胞)找到我们的拉群小助手哈。 前面我们提到了:CNS图表复现10—表达矩阵是如何得到的,有粉丝提问,既然都开始走RNA-seq数据的上游分析了,到Linux服务器操作了,难...
拿到RNAseq的结果后，首先要做的是对RNAseq的结果进行qPCR验证。如果qPCR 验证的结果与RNAseq的结果不一致，需要从qRT实验和RNAseq数据两方面同时考虑。在qRT实验方面，考虑的因素有：1. 反转录cDNA的时候是用的Ransom primer还是OligodT, 是否和RNAseq反转录的方法一致。2. 引物跨内含子设计。3. RNA引物设计的...
3、结果及报告解读 3.1、结果解读 每一个fastq文件会产生3个文件:val.fq.gz,unpaired.fq.gz以及去接头报告。 可以看到此处SE只有不到10M,相对于总量2G的测序数据不值一提,所以可以舍弃,后续分析会比较简便。 3.2、报告解读 自动检测接头序列 这部分会重新说明一下我们制定的处理参数 ...
short-read RNA-seq结果很稳定,对RNA-seq的short-read测序技术多次测试比较发现,其平台内和平台间的相关性都很好。然而在样本准备和计算分析阶段有一些步骤也会引入偏好性。这些限制会影响特定生物问题的解释,比如正确地识别和定量一个基因的多个转录异构体。这一局限与研究特别长或特别多变的转录异构体尤其相关。如...
做完qPCR后,我们会得到基因在样品里的相对定量结果(一般使用2-∆∆Ct),而在转录组中也有这些基因log2fc结果,如下: 针对于这两个数据的展示,通常有以下几种图: 1、柱状图: a.基于qPCR的相对定量结果,引用excel的函数(log、average、stdev)求得log2fc和标准差; ...
如何解释qPCR和转录组结果不一致? RNA-seq将mRNA逆转录成DNA,通过高通量测序的方法测定其序列并统计其表达水平。qPCR通过对 PCR 扩增反应中每一个循环产物荧光信号的实时检测从而实现对起始模板定量及定性的分析。Benchmarking of RNA-sequencing analysis workflows using whole-tranome RT-qPCR expression data发现转录...