你只要记得,deseq2只是一个差异分析的软件,就是类似于做方差分析的软件一样,只不过其通过log变换和中位数挑选来排除异常值的影响。 deseq2矫正的原理可以看原北卡罗来纳大学教堂山分校的Josh Starme的StatQuest系列视频教程https://statquest.org/video-index/,里边的统计学原理值得学习,也有人将这个系列的视频整理...
重排的结果是让A基因的头,接到了B基因的身体上,这样就产生了融合基因。 上图为一个癌细胞中的融合基因的示意图。 上图是高通量测序测到融合基因的图。可以看到这10几个Reads都横跨在这个融合基因的交接点的两侧,由此证明了这个癌细胞当中有这么一个融合基因。 点突变: RNA-seq还可以找出点突变,下图是一张泡泡...
1.DESeq2 DESeq2是目前最常用的差异分析R包。除了可以导入counts外,如果上游使用salmon,DESeq2官方还给出了直接导入tximport生成的txi对象的方法。counts与txi的获取见RNA-seq入门实战(三):在R里面整理表达量counts矩阵和RNA-seq入门实战(二):上游数据的比对计数——Hisat2+ featureCounts 与 Salmon 代码语言:javasc...
在开始本节之前,我们将确保我们拥有差异表达式分析中的所有相关对象。 隐藏 load('Robjects/DE.RData') 概观 获取注释 可视化DE结果 检索基因模型 导出浏览器曲目 向DESeq2结果添加注释 我们有一个显着差异表达基因的列表,但我们可以看到的唯一注释是Ensembl基因ID,它不是非常有用的信息。 有许多方法可以添加注释。
批次效应是RNA-seq分析的一个重要问题,仅由批次效应就能导致显著的表达差异。Hicks SC, et al., bioR...
fastqc [-o output dir] [--(no)extract] [-f fastq|bam|sam] [-c contaminant file] seqfile1 .. seqfileN 2.2 过滤-trim_galore的使用 trim_galore -q 25 --phred33 --length 36 -e 0.1 --stringency 3 --paired -o output路径 $fq1 $fq2 ...
在RNA-seq项目中,常见的结果包括:火山图、韦恩图、聚类热图、log2(ratios)折线图、有向无环图、散点图、代谢通路图、蛋白互作图等。今天我们先来一起学习火山图、韦恩图、聚类热图和折线图的解读。 1、火山图 RNA-seq中,火山图(Volcano Plot)显示了两个重要的指标:fold change和校正后的p value,利用T检验分...
说明:⼈类基因组中,AT配对,GC配对,⾼等⽣物中GC含量会略低于AT含量。所以好的测序结果应该 是A与T平⾏且接近,G与C平⾏且接近,AT平⾏线所占⽐例略⾼于25%。通常测序⼀开始或者结束的时候,会 有⼀些含量的突然变化,属于正常的测序bias。Pat2⽤于展⽰RNA-seq测序数据是否来源于RNA ...
这部分主要做一些数据可视化,富集分析暂时放下一部分,如果想跳过这里,请直接移步RNA-seq(9):富集分析 --- 参考资料: Analyzing RNA-seq data with DESeq2 [Count-Based Differential Expression Analysis of RNA-seq Data] 1 MA plot AnMA plotis an application of aBland–Altman plotfor visual ...