RNA测序(RNA-Seq)技术是近年来发展和应用迅速的二代测序技术,它促进了基因研究,并被应用于多种癌症研究,为研究选择性剪接和量化基因/亚型表达水平提供了革命性的工具。 基于RNA-Seq的结果我们可以挖掘很多的信息,RNA-Seq-Nexus(CRN)数据库就能帮我们在线实现一些数据挖掘。 CRN数据库是第一个提供肿瘤细胞表型特异性...
CSCD收录了肿瘤特异性的环状RNA, 采用生物信息学手段分析87个肿瘤样本中的circRNA, 并筛选出只在肿瘤患者中表达的环状RNA,该数据库的网址如下 http://gb.whu.edu.cn/CSCD/ 目前共收录了272152个肿瘤特异性的环状RNA,在利用RNA_seq数据分析环状RNA的过程中,使用了以下4款软件来识别环状RNA CIRI find_circ circRNA...
当前的RNA-seq网络工具中的数据集是从TCGA获得的,其中包含15878个lncRNA,33种癌症类型,9664个肿瘤和711个正常对照样品。 General Information:此功能提供一般信息,包括lncRNA名称,Ensembl ID,别名,基因类型,位点,功能机制,生物学过程。以及显示感兴趣的lncRNA中实验报告条目的数量,包括所有,机制,功能,临床。还有基于...
研究团队搜集并整合了25个肿瘤免疫治疗临床队列的超过4000例肿瘤样本，然后进行统一的RNA-seq测序原始数据和临床表型数据预处理、circRNA检测、免疫细胞组分解析、肿瘤分子特征评分等，以此构建出首个综合性的肿瘤免疫治疗circRNA数据库TCCIA（The Cancer CircRNA Immunome Atlas），为探索circRNA与肿瘤免疫治疗疗效和肿瘤/免...
根据GeneHancer和4DGenom两个数据库检索，确定的新的超级增强子被认为与两个不同基因的启动子相互作用，EphA2和ARHGEF19。因此，这些基因可以作为该超级增强子的候选靶基因。2. RNA-seq分析表明，EphA2-SE的缺失显著降低了EphA2的表达 为了研究超级增强子在癌细胞中的靶基因和功能作用，我们使用CRISPR/Cas9系统特异性...
以Gencode数据库中的lncRNA为标准进行分析,在分析前,过滤掉了其中与蛋白编码基因的exon有重叠的lncRNA 下载TCGA,CCLE等项目的RNA_seq数据,对肿瘤中的lncRNA进行定量,采用的是RPKM的定量方式,筛选表达量在所有样本中平均值大于0.3的lncRNA进行后续差异分析
综上所述,研究团队开发了基于决策树ML的Kassandra算法,使用批量RNA-seq重建肿瘤活检和血液中的细胞组成,并收集了一个包含不同细胞群9,400多个分类样本的RNA-seq数据库,用于创建人工转录组以训练、开发Kassandra。基于其独特的RNA特征,Kassa...
小诺课堂第48期-ATAC-seq、Hi-C、RNA-seq技术联合解析SIX3在肾元祖细胞更新中的调控机制 4115 4 01:13:15 App GEO数据库RNA-Seq分析的完整流程【DESeq2包】 58 0 01:13 App 小诺课堂第75期-单细胞RNA-seq数据分析揭示了人类胚胎干细胞(hESCs)在早期胚胎发育中的功能相关生物标志物及其调节足迹 399 1 01...
Cancer-Specific CircRNA Database(CSCD)数据库 CSCD也是一个肿瘤特异的circRNA数据库,由87个肿瘤细胞系中获得的228个RNA-seq数据整合而成,并整合了4种常用的circRNA分析算法的结果,目前包含272152个肿瘤特异性表达的circRNA信息。 该数据库主要优势在于circRNA数据量更加丰富,可根据肿瘤细胞系,基因名或亚细胞定位定向检索...
掌握了这门手艺,不但可以深入挖掘自己的数据,丰富论文内容,也可以使得普通的RNAseq变成一个极具性价比的技术,毕竟价格只是单细胞测序的几十分之一。当然,如果自己连测RNAseq的钱都没有,也可以挖掘GEO等数据库的RNAseq数据,分析一下免疫浸润,结合自己感兴趣的基因,寻找课题思路。