接下来我们要做就是对这个矩阵进行标准化，分别计算RPKM, FPKM和TPM, 请睁大你的眼睛（为了使数值可读性更好，下面的计算中我们用10代表million）。我们先来说说RPKM怎么算。第一步先将测序深度标准化，计算方法很简单，先分别计算出每个样本的总reads数（这里以10为单位），然后将表中数据分别除以...
另一个是使用pip：pip install omicverse -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple/。-i的意...
4、数据Clean #02去除低质量序列和接头#双端测序数据fori in`cat$RAWDATA/sampleID.txt`dotrimmomatic...
在RNA-Seq实验设计中，生物重复和测序深度是两个关键的参数，它们对数据质量和解释结果的可靠性都有重要影响。理解它们之间的权衡是实验设计的重要部分。生物重复是指独立取样的个体数目。它对于估计生物过程中的变异性非常重要，有助于增强研究结果的统计力。更多的生物重复可以提高对实验条件下基因表达差异...
ATAC-SEQ实战演练的素材 链接:https://share.weiyun.com/5rYmPT1密码:dr3ub6 包括一些公司PPT,综述以及文献。测试数据下载方式也是在里面了。 ATAC-SEQ 实战演练的思维导图:文档链接:https://mubu.com/doc/2DG1mC2kdg密码:rf2n 学徒学习笔记:https://mp.weixin.qq.com/s/7wNRrpkqcuQmJ7ASlpytqw ...
在qRT实验方面，考虑的因素有：1. 反转录cDNA的时候是用的Ransom primer还是OligodT, 是否和RNAseq反转录的方法一致。2. 引物跨内含子设计。3. RNA引物设计的特异性。引物质量的好坏可以从融解曲线来判断。当融解曲线只有一个峰，且峰狭窄而锐利时，说明引物质量高（左图）。4. qPCR反应的条件。这里有两层标准...
RNAseq数据,下载GEO中的FPKM文件后该怎么下游分析 文献标题是:Oncogenic lncRNA downregulates cancer cell antigen presentation and intrinsic tumor suppression不过不需要看文章 6个样本,分成2组,是RPKM值表达矩阵,做差异分析,看GO通路,跟文章比较 新的作业:(f) Enrichment of GO biological process (BP) terms for...
由于测序仪机器读长的限制,在构建文库的过程中首先需要将DNA片段化,测序得到的序列只是基因组上的部分序列。为了确定测序reads在基因组上的位置,需要将reads比对回参考基因组上,这个步骤叫做mapping。目前mapping的工具有很多,这里用的是hisat2 01 HISAT2官网下载index ...
RNASEQ中的log2FoldChange值是怎么来的 log2(mean(case))- log2(mean(control))或log2(mean(case)/mean(control)) mean(case) 指的是case样本的平均表达值;control同理; 忙,没时间解释,先记录一下。
分别是WT-raw-counts(-1,-2,-3)和lsd1-counts(-1,-2,-3),可以简单的理解为改Gene在这次测序中读到的总次数。 3) 从第八列到第十三列,分别是WT-CPM(-1,-2,-3)和lsd1-CPM(-1,-2,-3),可以简单的理解成一个是对照组WT另一个是实验组(Var2),CPM( counts per million reads)每一百万次读数该...