RNA-seq转录组数据上游分析 主要参考视频RNA-seq转录组数据分析入门实战01-Linux操作技巧主要参考推文合集Linux (qq.com)本教程使用了生信技能树的服务器,个人体验很不错,性价比极高,推荐 01.Linux操作技巧 前期准备: 下载Xshell netsarang.com/zh/free-f 下载Xftp 在进行linux操作之前请一定确保自己熟悉shell语法...
操作完这个流程,上游分析就结束了。但这期间也会遇到很多问题,比如软件安装失败,运行报错,许多生信软件不知道选哪个好了。拿比对软件,除了hisat2,还有bwa等。 而进入转录组下游分析之后,我感觉这水真的很深,没有什么固定的套路,常规的差异基因分析及可视化,GO以及KEGG富集分析等流程走一遍,远不能触发某个有意义的...
当前RNA-seq测序技术,测序错误率分布存在以下两个特征。 测序错误率随着测序序列(Sequenced Reads)长度的增加而升高。这是由测序过程中化学试剂的消耗导致的,为Illumina高通量测序平台所具有的特征。 前6个碱基具有较高的测序错误率,此长度恰好为RNA-seq建库过程中反转录所需的随机引物长度。前6个碱基测序错误率较高...
转录组序列比对是上游分析的关键步骤，使用hisat2工具可以高效地完成这个任务。为了构建索引并进行序列比对，作者提供了详细的操作指南和注意事项。samtools工具则用于格式转化、排序和生成索引，以满足后续分析需求。最后，featureCounts工具用于对基因组特征进行计数，不仅局限于gene_id，还包括其他如外显子、基...
本文提供了一套详尽且可操作的RNA-Seq上游分析教程，从环境配置到数据处理的各个环节都有详细步骤。首先，通过conda安装Miniconda3，确保正确设置镜像源和环境。创建python2环境，并学会使用conda安装和管理软件。对于FastQ质量评估，推荐使用FastQC，它支持多种文件格式并能进行多线程操作。FastQC用于检测序列...
当前RNA-seq测序技术,测序错误率分布存在以下两个特征。 测序错误率随着测序序列(Sequenced Reads)长度的增加而升高。这是由测序过程中化学试剂的消耗导致的,为Illumina高通量测序平台所具有的特征。 前6个碱基具有较高的测序错误率,此长度恰好为RNA-seq建库过程中反转录所需的随机引物长度。前6个碱基测序错误率较高...
RNA-seq转录组数据上游分析 主要参考视频RNA-seq转录组数据分析入门实战01-Linux操作技巧主要参考推文合集Linux (qq.com)本教程使用了生信技能树的服务器,个人体验很不错,性价比极高,推荐 01.Linux操作技巧 前期准备: 下载Xshell netsarang.com/zh/free-f 下载Xftp 在进行linux操作之前请一定确保自己熟悉shell语法...