综上所述,RNA-seq上游分析目前来说要比单细胞上游分析思路和方法更多。 那么下面我们来介绍一下转录组上游都能做哪些分析。 1、普通的比对定量分析:普通的定量分析比较简单,基本上是生信的入门操作。定量后的结果可以继续做差异分析、功能富集等等,今天我们主要讨论它的上游分析。 数据质控:在进行RNA-seq分析之前,...
RNA-seq 是研究转录组应用最广泛,也是最重要的技术之一,RNA-seq 分析内容包括序列比对、转录本拼接、表达定量、差异分析、融合基因检测、可变剪接、RNA 编辑和突变检测等,具体流程和常用工具如下图所示,通常的分析不一定需要走完全部流程,按需进行,某些步骤可以跳过、简化等 RNA-seq 中最常用的分析方法就是找出差异表...
生信技能树反复强调至少需要三张图：bulk RNA-seq | 下游分析 | 分析前评估大家做完转录组上游分析，获...
承接上节RNA-seq入门实战(一)本节介绍使用hisat2或salmon这两种方法进行转录组上游数据的比对和计数。39个转录组分析工具,120种组合评估(https://www.nature.com/articles/s41467-017-00050-4)表明基于hisat2或salmon进行转录本定量都比较优秀。 一、hisat2 + featureCounts 1. 获取hisat2比对索引文件 index官网...
RNA测序(RNAseq)自诞生起就应用于分子生物学,帮助理解各个层面的基因功能。现在的RNA-seq更常用于分析差异基因表达(DGE, differential gene expression),而从得到差异基因表达矩阵。RNAseq在过往十年里逐渐成为全转录组水平分析差异基因表达和研究mRNA差异剪接必不可少的工具。
RNA-seq转录组数据上游分析 主要参考视频RNA-seq转录组数据分析入门实战01-Linux操作技巧主要参考推文合集Linux (qq.com)本教程使用了生信技能树的服务器,个人体验很不错,性价比极高,推荐 01.Linux操作技巧 前期准备: 下载Xshell netsarang.com/zh/free-f 下载Xftp 在进行linux操作之前请一定确保自己熟悉shell语法...
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承接上节RNA-seq入门实战(一) 本节介绍使用hisat2或salmon这两种方法进行转录组上游数据的比对和计数。 39个转录组分析工具,120种组合评估 (https://www.nature.com/articles/s41467-017-00050-4) 表明基于hisat2或salmon进行转录本定量都比较优秀。
自学转录组上游分析,总结的代码如下 ###第一步:创建分析所用的文件夹mkdir rna-seqcd rna-seqmkdir{sra,clean_data,fastqc,refastqc,align,count}###测序数据放在sra中,这里从NCBI下载了SRA数据###第二步:第一次质量控制(fastqc&&multiqc)cd"/public/home/lxwang/Znk/rna-seq/fastqc/"...
介绍:安装在linux环境中(如ubuntu,或者学校的集群),可以利用它下载转录组上游分析的工具。 安装:wget (网上的压缩包链接地址)—— tar -zxvf(下载好的*.tar.gz文件)——手动添加路径到.bashrc文件中, 并source 一下——打开~/.condarc文件,将清华镜像源链接添加进去——完成安装。