RNA-seq工作流程主要分为以下三步: 文库制备,使用可精确检测链方向的方法获得完整的转录组图像。 兼容FFPE RNA。 测序。 数据分析。 分析流程(Analysis Pipeline) 上游分析的过程需要在Linux系统中完成。由上述测序技术所得到的原始测序文件为.fastq格式文件,其主要格式为: @A00184:675:HKHGGDSXY:2:1101:1181:1000...
通过ggplot2软件绘制基因差异表达火山图,使用DESeq2软件生成的matrix.counts.matrix.PR_vs_SR.DESeq2.DE_results为输入文件,该文件内geneid、sampleA、sampleB、baseMeanA、baseMeanB、baseMean、log2FoldChange、lfcSE、stat、pvalue、padj等信息,将其导入R语言中,提取1,6,7,8,9,10,11列,然后设置数据的行列名...
8. 转录本组装stringtie 和融合 stringtie merge or TACO # 组装转录本 cd ~/lncRNA_analysis/3_alig...
4.使用fastqc和multiqc进行测序数据的质控查看5.使用trim-galore去除低质量碱基和接头 承接上节RNA-seq入门实战(零):RNA-seq流程前的准备——Linux与R的环境创建 一、从NCBI获取数据SRR号 数据的文章来源: Formative pluripotent stem cells show features of epiblast cells poised for gastrulation | Cell Research (...
RNAseq上游流程 1. 软件安装 1.1需要更改镜像源配置 conda config--addchannels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free conda config--addchannels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge conda config--addchannels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/...
salmon是一款不通过序列比对就可以快速完成生物学定量的RNA-seq数据分析工具。它的使用流程包括两步:1.建立索引 2.对reads进行基因表达定量(quantification)。 第一步,提取转录本-基因对应关系 转录谱文件可以到Ensembl下载, 转录谱参考文件内容如下: >ENST00000632684.1 cdnachromosome:GRCh38:7:142786213:142786224:1...
在这里，我们用一个从RNA-seq上游的定量包FeatureCounts生成的表达矩阵来演示差异表达分析的流程。我们的...
学习完snakemake后写的第一个流程是RNA-seq上游定量和下游的质控和差异分析。 使用fastp处理fastq文件,在使用START比对到基因组同时得到raw count,使用非冗余外显子长度作为基因的长度计算FPKM、TPM,同时也生成了CPM的结果。 非冗余外显子长度计算可以参考之前的推文转录组实战02: 计算非冗余外显子长度之和 ...
RNA-seq 是研究转录组应用最广泛,也是最重要的技术之一,RNA-seq 分析内容包括序列比对、转录本拼接、表达定量、差异分析、融合基因检测、可变剪接、RNA 编辑和突变检测等,具体流程和常用工具如下图所示,通常的分析不一定需要走完全部流程,按需进行,某些步骤可以跳过、简化等 RNA-seq 中最常用的分析方法就是找出差异表...
clusterProfiler或GOseq-- 进行基因本体(GO)富集分析。 GSEA- 基因集富集分析。 可视化 快速上手RNA-Seq分析流程 -- 上游 STEP01 质量控制 (Quality Control) -- 使用fastp # 新建 clean 文件夹存放 fastp 质控之后的数据mkdir-p clean# 单样本处理实例,默认选项fastp -w 20 -i raw/sample1_R1.fq.gz -I...