RNA-seq转录组数据上游分析 主要参考视频RNA-seq转录组数据分析入门实战01-Linux操作技巧主要参考推文合集Linux (qq.com)本教程使用了生信技能树的服务器,个人体验很不错,性价比极高,推荐 01.Linux操作技巧 前期准备: 下载Xshell netsarang.com/zh/free-f 下载Xftp 在进行linux操作之前请一定确保自己熟悉shell语法...
数据下载是进行RNA-seq数据分析的第一步,我们需要从公共数据库(如NCBI)或者通过合作者获取原始的测序数据。常见的测序数据格式有FASTQ和BAM。 使用trim-galore进行质量控制和序列修剪trim-galore是一个基于Galaxy和cutadapt的工具,用于处理RNA-seq数据中的质量控制和序列修剪。使用trim-galore可以去除低质量的序列、去除接...
2、生信技能树：再次强调表达量矩阵分析一定要三张图 3、观科研：Bulk RNA-seq | 第2期. 零基础画...
输出结果并没有将两者分开,但是黏在了一起。数据也是不对的。 后来询问师兄,明白了换行符需要在文件读取之前就协商,于是改成了这样: #!/usr/bin/perlusestrict;useData::Dumper;usewarnings;$/='>';open(TXT,"<r.txt");while(<TXT>){chomp;my($name,$seq)=split(/\n/,$_,2);$name=~m/^(\w+...
FastQC旨在提供一种简单的方法,对来自高通量测序的原始序列数据进行一些质量控制检查。它提供了一组模块化的分析,您可以使用这些分析快速了解您的数据是否存在任何问题,在进行进一步分析之前,您应该了解这些问题。 FastQC的主要功能是: 从BAM、SAM或FastQ文件导入数据(任何变体) ...
下面就是水稻RNA-seq进行数据挖掘的主要分析流程。 转录组上游分析涉及到的软件主要有: sra-tools fastqc multiqc trim-galore hisat2 samtools subread 一、下载水稻基因组数据 目前水稻的权威数据库主要有两个: #1.水稻MSU版本的数据库(2011年最后一次更新,已经很旧了)http://rice.plantbiology.msu.edu/#2.水稻...
使用fastqc对原始数据进行质量评估 # 激活conda环境conda activate trans 对合并后的文件进行批量治疗# 使用FastQC软件对单个fastq文件进行质量评估,结果输出到qc/文件夹下cd/media/zk/crlm/qc qcdir=/media/zk/crlm/qc fqdir=/media/zk/crlm/CRLM_RNAseq/Result-P101SC18100875-01-J014-B14-21/cleanall ...
shell脚本处理RNA-seq数据上游分析全部代码在:code 安装RNA-seq数据处理流程 代码参考:https://www.jianshu.com/p/a84cd44bac67 视频教程见:https://www.bilibili.com/video/av28453557 wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh bash Miniconda3-latest...
RNAseq上游分析 | 更改prefetch下载位置&下载SRA数据 苦哈哈的柠檬水关注赞赏支持RNAseq上游分析 | 更改prefetch下载位置&下载SRA数据 苦哈哈的柠檬水关注IP属地: 上海 0.0962022.03.10 11:02:06字数31阅读872 下载sra-tools工具 conda install -y sra-tools 更改prefetch下载位置 #建立空文件夹 mkdir /home/disk/...
RNA-seq转录组数据上游分析 主要参考视频RNA-seq转录组数据分析入门实战01-Linux操作技巧主要参考推文合集Linux (qq.com)本教程使用了生信技能树的服务器,个人体验很不错,性价比极高,推荐 01.Linux操作技巧 前期准备: 下载Xshell netsarang.com/zh/free-f 下载Xftp 在进行linux操作之前请一定确保自己熟悉shell语法...