在RNA-seq实验中,上游分析是至关重要的第一步,它涉及到数据质量控制、序列修剪和比对等过程。下面我们将详细介绍如何进行RNA-seq数据的上游分析。 数据下载数据下载是进行RNA-seq数据分析的第一步,我们需要从公共数据库(如NCBI)或者通过合作者获取原始的测序数据。常见的测序数据格式有FASTQ和BAM。 使用trim-galore进...
本案例所使用的方法为SRA Toolkit - prefetch 快速下载NCBI SRA数据 如果本案例中的方法无法运行,具体请参看郜鹏志师哥整理的《BaP_的RNA-seq上游流程.md》这份笔记(二.数据准备/01.从GEO中下载SRA数据) 首先下载最新发布的sratoolkit(根据系统选择) #下载 wget -c https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/s...
四、数据质控 用法和介绍 github 写的很清楚:RNA-seQC 五、覆盖度可视化 bamCoverage 6人点赞 RNA-seq 数据分析 更多精彩内容,就在简书APP "小礼物走一走,来简书关注我" 赞赏支持还没有人赞赏,支持一下 生信摆渡分享生信知识。全网同名,有问题搜索工种昊留言👇 ...
输出结果并没有将两者分开,但是黏在了一起。数据也是不对的。 后来询问师兄,明白了换行符需要在文件读取之前就协商,于是改成了这样: #!/usr/bin/perlusestrict;useData::Dumper;usewarnings;$/='>';open(TXT,"<r.txt");while(<TXT>){chomp;my($name,$seq)=split(/\n/,$_,2);$name=~m/^(\w+...
2、生信技能树：再次强调表达量矩阵分析一定要三张图 3、观科研：Bulk RNA-seq | 第2期. 零基础画...
下面就是水稻RNA-seq进行数据挖掘的主要分析流程。 转录组上游分析涉及到的软件主要有: sra-tools fastqc multiqc trim-galore hisat2 samtools subread 一、下载水稻基因组数据 目前水稻的权威数据库主要有两个: #1.水稻MSU版本的数据库(2011年最后一次更新,已经很旧了)http://rice.plantbiology.msu.edu/#2.水稻...
使用fastqc对原始数据进行质量评估 # 激活conda环境conda activate trans 对合并后的文件进行批量治疗# 使用FastQC软件对单个fastq文件进行质量评估,结果输出到qc/文件夹下cd/media/zk/crlm/qc qcdir=/media/zk/crlm/qc fqdir=/media/zk/crlm/CRLM_RNAseq/Result-P101SC18100875-01-J014-B14-21/cleanall ...
RNA-seq转录组数据上游分析 主要参考视频RNA-seq转录组数据分析入门实战01-Linux操作技巧主要参考推文合集Linux (qq.com)本教程使用了生信技能树的服务器,个人体验很不错,性价比极高,推荐 01.Linux操作技巧 前期准备: 下载Xshell netsarang.com/zh/free-f 下载Xftp 在进行linux操作之前请一定确保自己熟悉shell语法...