研究使用RNA-seq、Ribo-seq和深度学习算法联合分析了转录组范围的翻译和结构特征,并且将结果扩展到其他生物体中,揭示了uAUG-ds作为调节基因表达的分子开关,动态调节防御性蛋白基因及肿瘤抑制基因的表达。
经过蛋白质网络互作分析( PPI教程:String:不仅仅是一个PPI分析平台.),作者筛选出了一些核心基因用于下游的生存分析,并发现了显著的差异。 为了验证PKP1在bulk RNA-Seq的详细分布信息,作者挖掘了鼻咽癌scRNA-Seq数据,发现PKP1在上皮细胞中表达并通过免疫组化的方式加以验证(又是Biomamba羡慕的,好想要临床样本): 紧...
单细胞RNA-seq分析介绍 数据分析windowshttps网络安全 在整个人体组织中,细胞类型、状态和相互作用是非常多种多样的,为了更好的了解这些组织和存在的细胞类型,我们需要更高分辨率的技术,而scRNA-seq提供了在单个细胞水平上表达哪些基因的信息,恰好能满足我们的需求。 生信技能树jimmy 2020/05/06 1.4K0 流式分选后指...
产品服务:RNA-seq,代谢组 客户单位:西北农林科技大学 影响因子:8.8 物种样本:木瓜 本研究通过转录组和代谢组联合分析揭示了木瓜在整个果实发育过程中生物活性化合物和相关基因的变化。代谢组学分析结果揭示不同果实发育过程的主要代谢物变化,转录组学分析鉴定与黄酮类倍半萜类途径有关化合物及其相关基因,以及差异基因与...
RNA-seq主要从转录组水平分析基因的表达调控机制,检测用于核糖体翻译的RNA序列及二级结构。Ribo-seq主要用于检测核糖体翻译的起始位置、翻译富集区和翻译终止位置。RNA-seq与Ribo-seq联合分析可以准确检测mRNA上游5’UTR区的uORFs翻译调控结构,揭示生物模式触发免疫下的翻译调控机制。
随着测序技术的不断升级,RNA测序(RNA sequenclng,RNA-Seq)技术已经成为转录组学研究的重要手段之一,通过高通量测序能够全面快速地获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的几乎所有转录本序列信息,已广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发等领域。同时转录组是连接基因组遗传信息与生物功能的蛋白质组的必然纽带,转录...
因为是表观联合分析,所以全文分成两部分,ChIP-seq和RNA-Seq首先是各自独立处理,然后是合并分析 RNA-seq分析 数据下载 手动安装aspera,我用conda安装老报错,于是改用手动下载然后直接安装即可。 wget https://ak-delivery04-mul.dhe.ibm.com/sar/CMA/OSA/09cne/0/ibm-aspera-connect-3.11.0.5-linux-g2.12-64....
平行样品的高相关性,表明RNA-seq是可重复性的。差异表达基因(DEGs)的热图显示,平行样本的表达模式随着Ru1暴露时间的改变而改变。与对照样品相比,4、12、25h处理组的上调/下调基因分别为504/963、264/912和510/391。GO分析表明,Ru1的处理主要影响...
技术策略:RNA-seq,m6A 客户单位:浙江大学 影响因子:37.3 物种样本:人前列腺 本研究总结了N6-甲基腺苷(m6A)在表观遗传调控中的新作用,介绍了IGF2BP蛋白以m6A依赖的方式介导独特的R环解析,这可能导致前列腺癌的生长迟缓和多西他赛化疗耐药。该研究首次强调了IGF2BPs作为表观遗传R环阅读器在转录遗传调控和癌症中的功...