RNA-seq 测序深度与数据量 一、数据量计算分子生物学中基本概念与单位nt=nucleotide, 即核苷酸数,通常用于描述单链,如RNA, primer等bp=base pair, 即碱基对,用于描述双链的,如DNA, 双链RNA等人类基因组有3000Mnt… zi纵笑y...发表于生物信息学... RNA-seq:测序原理之文库构建 张一柯 RNA-seq:转录组数据...
这个文章跟着之前的文章完整转录组RNAseq分析流程(tophat2+cufflink+cuffdiff)用了之前分析的 cuffdiff 的结果,参考视频https://www.bilibili.com/video/BV1gW411Y7Qf 文中用到的hic的数据由于是别人的东西,就不方便放出来,可以看一下孟叔视频,加群后可以在群文件下载 ### #rnaseq 可视化 孟b站 R绘图 ###...
可视化DE结果 检索基因模型 导出浏览器曲目 向DESeq2结果添加注释 我们有一个显着差异表达基因的列表,但我们可以看到的唯一注释是Ensembl基因ID,它不是非常有用的信息。 有许多方法可以添加注释。一种方法是使用org.Mm.eg.db包执行此操作。该套餐是每6个月重建一次的有机体级套餐之一。这些封装列在Bioconductor 的...
library(GenomicRanges)simple_range <- GRanges(seqnames = '1', ranges = IRanges(start=1000, end=2000))simple_rangeGRanges object with 1 range and 0 metadata columns: seqnames ranges strand <Rle> <IRanges> <Rle> [1] 1 1000-2000 * --- seqinfo: 1 sequence from an unspecified genome; no...
可视化DE结果 检索基因模型 导出浏览器曲目 向DESeq2结果添加注释 我们有一个显着差异表达基因的列表,但我们可以看到的唯一注释是Ensembl基因ID,它不是非常有用的信息。 有许多方法可以添加注释。一种方法是使用org.Mm.eg.db包执行此操作。该套餐是每6个月重建一次的有机体级套餐之一。这些封装列在Bioconductor 的...