研究这些假设蛋白质的功能可能具有重要意义,但它们的详细功能应该在未来得到解决。 图2 采用RNA-seq筛选多糖利用位点(PULs) 3. 卵形拟杆菌(Bacteroides ovatus)产生的A23-1降解产物可能不支持益生菌的生长 在添加或不添加碳源的条件下,分析了BO和益生菌在MCB培养基中的生长情况。结果显示,在添加5mg/mL葡萄糖的条件...
首先我们来看一下这篇文章讲述了什么。 《在分析人类群体样本时,热门的差异表达方法夸大了假阳性》 作者在使用大量人类RNA-seq样本在两个条件之间寻找差异表达基因时,通过置换(permutation)分析发现热门的生信软件DESeq2和edgeR的假阳性率高得出乎意料。此外作者还测试了limma-voom、NOISeq、dearseq和Wilcoxon秩和检验,...
本文揭示了二茂铁铱(III)二磷酸络合物Ir1在二茂铁基团的作用下可催化类芬顿反应生成•OH和LPO,从而诱导肿瘤细胞发生铁死亡的分子机制。RNA-seq结果和小鼠体内实验表明,Ir1可以显著影响与铁死亡和肿瘤免疫相关的通路,启动强烈的免疫反应,从而...
第一篇文章是2015年发表在BMC Genomics上的文章,作者对RNA-Seq数据进行了常规的分析,包括对样本测序深度、测序数据质量统计,比对reads在鸡参考基因组上的分布情况,幼鸡和产蛋鸡表达量最多的前十种基因,可变剪接情况,以及GO和KEGG富集情况统计及分析。最终通过RNA-Seq分析,探讨了幼年和产蛋鸡肝脏表达谱的差异情况,分析...
这三篇文章分别介绍了三种新工具:HISAT、StringTie和Ballgown。它们分别取代了Salzberg之前开发的早期工具,为RNA-Seq的原始读取到差异表达分析提供了一种全新的方式。 HISAT全称为Hierarchical Indexing for Spliced Alignment of Transcripts,由约翰霍普金斯大学开发。它取代Bowtie/TopHat程序,能够将RNA-Seq的读取与基因组进...
伯豪技术服务:RNA-seq 导语 牛膝是治疗骨质疏松症的著名中药。多糖是形成肠道微生物群的主要因素,是双棱草的主要成分。然而,双歧杆菌多糖对人体肠道菌群的生物活性尚不清楚。本文从苦参中提取并纯化了平均分子量为93.085 kDa的果胶多糖A23-1。A23-1由鼠李糖、葡萄糖醛酸、半乳糖醛酸、葡萄糖、半乳糖和阿拉伯糖组成...
3、RNA-seq分析PEG/Se@OMV-CD47nb治疗后瘤内巨噬细胞表达模式变化 利用FACS分选出PBS、PGE/Se@OMV-CD47nb+RA和anti-CD47处理的皮下成瘤小鼠的瘤内巨噬细胞,进行RNA-seq。分析结果显示,与PBS组相比,PGE/Se@OMV-CD47nb+RA组M1型巨噬细胞maker...
伯豪技术服务:RNA-seq 导语 牛膝是治疗骨质疏松症的著名中药。多糖是形成肠道微生物群的主要因素,是双棱草的主要成分。然而,双歧杆菌多糖对人体肠道菌群的生物活性尚不清楚。本文从苦参中提取并纯化了平均分子量为93.085 kDa的果胶多糖A23-1。A23-1由鼠李糖、葡萄糖醛酸、半乳糖醛酸、葡萄糖、半乳糖和阿拉伯糖组成...
文章:用单细胞RNA-Seq的测序技术研究了肺部表皮发育相关的内容 肺癌的分类 小细胞肺癌 非小细胞肺癌 其中非小细胞肺癌绝大部分是由环境因素和一些突变mutation造成的;小细胞肺癌大部分是由于自身的遗传因素造成的,包括吸烟导致的肺癌都是非小细胞肺癌。目前重点研究领域在非小细胞肺癌。
通过RNAseq可以筛选出差异表达的分子,进而选取分子进行验证,构建调控机制。但可能整个实验的周期很长,比如1-2年时间,甚至更长。通过接触很多的客户,发现许多老师,在我们这里做了RNAseq实验,希望先对RNAseq的数据进行分析,整理,希望纯数据分析或者稍加验证就可以发表文章,虽然这类文章看过很多,但没有总结明确的规律,...