这篇文章,我们可以看出,RNAseq是对细胞、对所有基因的整体描述,通过全基因表达谱,我们可以看出细胞基因发生了哪些变化,通路发生了哪些变化等。 该文RNAseq展示的结果,是所有差异基因热图,差异基因列表,差异基因GO/KEGG富集图,富集通路表,重要基因热图。 ”官方公众号,欢迎您的咨询与交流...
首先我们来看一下这篇文章讲述了什么。 《在分析人类群体样本时,热门的差异表达方法夸大了假阳性》 作者在使用大量人类RNA-seq样本在两个条件之间寻找差异表达基因时,通过置换(permutation)分析发现热门的生信软件DESeq2和edgeR的假阳性率高得出乎意料。此外作者还测试了limma-voom、NOISeq、dearseq和Wilcoxon秩和检验,...
RNAseq，即通过高通量测序技术进行转录组测序分析技术，作为研究RNA的表达水平以及表达差异基因的应用，在过去的十几年内迅速发展。而今，RNAseq在转录本变异检测，基因融合检测，可变剪切检测等场景均有大规模的应用。转录本变异检测，是指通过比较样本RNA序列和参考基因组对应序列，来寻找单碱基多态性和小片段的插入缺失...
这篇文章,我们可以看出,RNAseq是对细胞、对所有基因的整体描述,通过全基因表达谱,我们可以看出细胞基因发生了哪些变化,通路发生了哪些变化等。 该文RNAseq展示的结果,是所有差异基因热图,差异基因列表,差异基因GO/KEGG富集图,富集通路表,重要基因热图。 上海生因生物有着丰富的,转录组测序,lncRNA测序,circRNA测序数据...
由于这些样本的数据量较小(每个RNAseq样本8.9G左右,捕获样本数据1.3G左右),STAR在定量流程中所占比重也不太大,因此提速效果不是特别明显。 基因融合 基因融合流程的搭建与检测,使用的参考标准品 (Seraseq FFPE NTRK fusion) 中包含了16个确定的基因融合事件,按照不同的比例与阴性样本混合之后生成5个样本(目标丰度...
早期的RNA-seq实验从细胞群(如来源于某个组织或器官的细胞)中得到DGE数据,并可以应用于很多物种,如玉米(Zea mays),拟南芥(Arabiodopsis thaliana),酿酒酵母(Saccharomyces cerevisae),鼠(Mus musculus)和人(Homo sapiens)。虽然RNA-seq这个词通常包含很多不同的RNA相关的方法或生物应用,但DGE分析始终是它的主要应用...
单细胞RNA-seq生信分析全流程——第十五篇:细胞组成分析 小鱼爸关注IP属地: 浙江 2024.01.08 13:06:37字数4,404阅读745 15.1 前言 除了基因表达模式的变化之外,细胞组成(例如细胞类型的比例)也会在不同条件下发生变化。例如,特定药物可以诱导细胞类型的转分化,这将反映在细胞身份组合物中。需要足够的细胞和样本...
学习生信代码的朋友可以直接跳转到下面2.7 实战案例,有完整和详尽的代码和分析流程。 2. 原始数据处理 在本篇中,我们将介绍单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据的“预处理preprocessing”步骤。尽管这是常见的术语,但似乎有点用词不当,因为此过程涉及几个步骤,这些步骤在开始下游分析之前至关重要。 在这里,我们将主要将此...
文件是***_1.fq.gz、***_2.fq.gz 这种是双端测序数据,我们需要这种双端测序的数据来进行 RNA-seq 分析 如果数据是双端测序的,那么就复制 SRR 编号,使用 sratools 下载,例如: prefetch SRR8956151 批量下载需要先建立一个 txt 文件,将 SRR 编号写进去,例如: SRR5830630SRR5830631SRR5830632SRR5830633SRR583...
RNAseq,即通过高通量测序技术进行转录组测序分析技术,作为研究RNA的表达水平以及表达差异基因的应用,在过去的十几年内迅速发展。而今,RNAseq在转录本变异检测,基因融合检测,可变剪切检测等场景均有大规模的应用。转录本变异检测,是指通过比较样本RNA序列和参考基因组对应序列,来寻找单碱基多态性和小片段的插入缺失,其结...