差异表达分析简单来说就是鉴定一个基因的表达,在所选两个样本之间有无明显差异,所用到的是统计学中的假设检验。差异表达分析中常用的软件为DESeq2和edgeR,其均由R语言所写,这两个软件在发表的转录组文章中出现的频率较高,在这里我们使用R中DESeq2包来进行差异表达分析,用到的输入文件为上一篇生成的表达矩阵(ge...
差异表达分析简单来说就是鉴定一个基因的表达,在所选两个样本之间有无明显差异,所用到的是统计学中的假设检验。差异表达分析中常用的软件为DESeq2和edgeR,其均由R语言所写,这两个软件在发表的转录组文章中出现的频率较高,在这里我们使用R中DESeq2包来进行差异表达分析,用到的输入文件为上一篇生成的表达矩阵(ge...
raw count作为原始的read计数矩阵是一个绝对值,而绝对值的特点是规模不同(基因长度、测序深度),不可以比较。进行这些基因标准化方法的目的是将count矩阵转变为相对值,去除技术偏差的影响,使后续的差异分析具有统计学的意义。 3.2 差异表达分析及可视化 limma/voom,edgeR,DESeq2,转录组差异分析的三大R包!
在双末端RNA-seq实验中，有左右两个对应的read来自相同的DNA片段。在进行双末端read进行比对时，来自同一DNA片段的高质量的一对或单个read可以定位到参考序列上。为避免混淆或多次计数，统计一对或单个read比对上的参考序列片段（Fragment），来计算FPKM，计算方法同RPKM。RPKM/FPKM适用于基因长度波动较大的...