hist(exprSet_new) 看这个图就知道了,它把本来应该是数据离散程度非常大的RNA-seq的基因的reads的counts矩阵经过normlization后变成了类似于芯片表达数据的表达矩阵,然后其实可以直接用T检验来找差异基因了! 但是,如果你的分组不只是两个,就复杂了,你需要再仔细研读说明书,甚至你可能需要咨询实验设计人员或者统计人员!
差异表达分析功能富集分析参考序列比对:在RNA测序数据分析中,由于可变剪切的存在,对reads进行splice比对是至关重要的。推荐使用 hisat2 和 STAR 这两个工具进行splice比对,适合处理二代测序RNA-Seq数据。对于三代测序RNA-Seq数据,可以考虑使用 minimap2 或 STARlong 工具进行比对。这些工具在处理RNA测序数据时表现出色...