(1)需要有Stem-loop RT引物,该引物是由一个茎环结构(Stem-loop)的序列加上6-8个成熟microRNA的3’端反向互补碱基组成(即图4中步骤一上面的蓝色RT-primer),茎环结构一般在公司都能买到; (2)Stem-loop RT引物在逆转录酶的作用下,通过3’末端的6-8个碱基与成熟miRNA互补配对得到逆转录产物cDNA(即图4步骤一...
利用茎环法对microRNA进行定量,步骤如下: (1)需要有Stem-loop RT引物,该引物是由一个茎环结构(Stem-loop)的序列加上6-8个成熟microRNA的3’端反向互补碱基组成(即图4中步骤一上面的蓝色RT-primer),茎环结构一般在公司都能买到; (2)Stem-loop RT引物在逆转录酶的作用下,通过3’末端的6-8个碱基与成熟miRN...
以确定剪接的确切位置;DII和III是两个较小的结构域,对组装活性内含子结构和激活剪接反应方面起着关键作用,其中DIII还可作为“催化效应器”来加速催化反应;DIV是一个茎环(stem-loop)结构,其loop序列上包含maturase(成熟酶)的ORF,靠近其5’端的亚结构域DIVa含有一个对I...
以上结合方式促使gRNA形成“发卡状”(“hairpin-like”)结构,可以保护其末端免于核酸酶降解,同时gRNA的“锚定”区 (“anchor” region) 和“引导”区 (guiding region) 形成了RNA茎环 (stem-loop) 结构,阻止了gRNA与mRNA的结合(图1)。 图1....
DI是最大的结构域,包含上下两半部分,其中的EBS1可以与5’剪接位点交界处的内含子结合位点(IBS1)配对,以确定剪接的确切位置;DII和III是两个较小的结构域,对组装活性内含子结构和激活剪接反应方面起着关键作用,其中DIII还可作为“催化效应器”来加速催化反应;DIV是一个茎环(stem-loop)结构,其loop序列上包含matura...
以上结合方式促使gRNA形成“发卡状” (“hairpin-like”) 结构,可以保护其末端免于核酸酶降解,同时gRNA的“锚定”区 (“anchor” region) 和“引导”区 (guiding region) 形成了RNA茎环 (stem-loop) 结构,阻止了gRNA与mRNA的结合(图1)。 图1. RESC-A结合gRNA并将其稳定于闭合状态...
Stem loop实时定量RT PCR是一项高特异度、敏感度的检测miRNA表达的实验技术,包括设计具有茎环(stem loop)结构的反转录引物和用miRNA荧光标记的特异分子探针进行实时PCR 二个关键步骤。该技术具有以下优点:高度特异性,对序列高度同源的miRNA也可精确区分;超宽的定量线性范围和高度的检测灵敏度;样品消耗少,仅需1～10 ...
茎环法逆转录使用特殊设计的茎环逆转录引物(Stem-loop RT Primer)进行逆转录,该引物由通用的茎环结构序列和6-8个miRNA 3’端反向互补碱基组成,通用的茎环结构不仅能有效地延长miRNA的逆转录产物长度,同时它自身互补的构象可以避免与其他同源基因结合,减少了非特异性扩增的几率。
最常用的microRNA 反转录PCR方法就是茎环法(stem-loop)和加尾法(poly-A tail)。由于茎环法反转录的引物设计原理限制,加尾法的检测通量比茎环法更高,因此加尾法也被实验室普遍使用。 今天小编就给大家介绍一个批量设计microRNA加尾法反转录PCR引物的软件miRprimer,重点是一键完成哦!
Stem-loop实时定量RT PCR基本原理:microRNA的RT-PCR一般使用茎环结构的引物,这种具有茎环结构的引物针对所需检测的目的microRNA设计,具有特异的序列,结构示意图如下所示。内参使用的是小RNAU6,U6的反转录使用的是随机引物。将反转录的产物作为real-timePCR的模板,检测目的microRNA的引物是针对目的microRNA的特异的上下...