tRNA的碱基数在76~90个,由于序列内部存在碱基互补配对,tRNA在二维结构上呈现 “stem-loop”的“三叶草”结构。从序列的5'端到3'端,“stem-loop”结构可被描述为:氨基酸接受臂,D臂, 反密码子环, 可变环和T臂。D臂以环中存在二氢...
以上结合方式促使gRNA形成“发卡状”(“hairpin-like”)结构,可以保护其末端免于核酸酶降解,同时gRNA的“锚定”区 (“anchor” region) 和“引导”区 (guiding region) 形成了RNA茎环 (stem-loop) 结构,阻止了gRNA与mRNA的结合(图1)。 图1....
茎环法逆转录使用特殊设计的茎环逆转录引物(Stem-loop RT Primer)进行逆转录,该引物由通用的茎环结构序列和6-8个miRNA 3’端反向互补碱基组成,通用的茎环结构不仅能有效地延长miRNA的逆转录产物长度,同时它自身互补的构象可以避免与其他同源基因结合,减少了非特异性扩增的几率。 末端加A尾法逆转录先由PolyA聚合酶...
(2)Stem-loop RT引物在逆转录酶的作用下,通过3’末端的6-8个碱基与成熟miRNA互补配对得到逆转录产物cDNA(即图4步骤一下面的蓝色Stem-loop结构加上与microRNA互补配对的绿色箭头); (3)设计荧光定量PCR的上下游引物,其中上游引物包含microRNA序列,但是需要将U替换成T,另外3’末端的6-8个碱基不包含在引物内,下游...
首先由miRNA gene转录生成初级miRNA转录本,简称pri-miRNA, pri-miRNA的长度在300到10kbp之间,然后进一步加工生成带有茎环结构stem-loop的miRNA前体,简称pre-miRNA, pre-miRNA长度在70到90bp之间,最后在Dicer酶切作用下,从pre-miRNA的5’端和3’端分别剪切形成成熟的miRNA, 即mature miRNA, 所以一个pre-miRNA可能产...
对于活细胞中的rna进行标记,常用的是rna标记序列和rna结合蛋白(rbps)的成像系统。rna标记序列一般包括多个特殊的rna茎环结构(stem-loop)单元,而特定的rna结合蛋白能够特异性识别这些rna茎环结构单元。 [0136] rna茎环结构单元有多种,如ms2,pp7,boxb和u1a等。通常而言,为了标记靶rna,需要将多重串联的茎环结构单元...
本发明公开了一种RNA假结的loop区域和stem区域的模拟方法及应用,属于生物信息学领域.本发明通过长时间的高温分子动力学模拟研究了H型假结的热力学与动力学性质,利用碱基对的打开与闭合之间的转换平衡,以及通过分析模拟轨迹得到了stem区域末端的碱基对的热力学和动力学参数.loop区域的存在使得stem区域的融解温度降低.但...
-1 Programmed ribosomal frameshifting (PRF) in synthesizing the gag-pro precursor polyprotein of Simian retrovirus type-1 (SRV-1) is stimulated by a classical H-type pseudoknot which forms an extended triple helix involving base-base and base-sugar interactions between loop and stem nucleotides. ...
The amino-terminal half (residues 870–937), which makes numerous contacts with the crRNA 5′ stem–loop, remains static. On the basis of this observation, we propose that the insertion domain acts as a transducer, allowing allosteric communication between the REC and NUC lobes in response to...