RNA甲基化修饰(如m6A、m5C等)在RNA代谢的多个方面发挥关键作用,包括剪切、翻译、稳定性、定位和二级结构。近年来,研究发现RNA甲基化修饰在R-loop的形成、稳定和分解中起着核心作用,通过动态调节R-loop代谢影响基因组完整性和DNA损伤修复。 图1:关键的RNA甲基化“writer”和“reader”调控R-loop形成和稳定性。RNA甲...
研究发现,某些疾病的发生与 RNA loop 结构的异常有关。比如某些肿瘤中就存在异常的 RNA loop 结构。对 RNA loop 结构的深入研究为疾病诊断提供了新的思路。利用特定的技术手段,能够对 RNA loop 结构进行检测和分析。其中包括 X 射线晶体衍射和核磁共振等方法。高通量测序技术也为大规模研究 RNA loop 结构提供了...
R-loop是由转录的RNA链与打开的双链DNA其中一条模板链发生碱基互补配对,形成RNA-DNA杂合链,同时使未配对的另一条DNA链游离在外组成的三方结构 [1]。它们分布广泛,占哺乳动物基因组的 5% [2,3]。R-loop经常出现在基因组的启动子和转录终止位点, 影响R-loop形成的结构因素包括高度的GC偏倚(GC skew,在TSS下游...
AMPIVIEW™ RNA探针由Enzo的LoopRNA ISH™技术提供动力，具有序列特定探针的精确度，具有卓越的灵敏度。此外，探针的设计使其适用于任何工作流程(手动或自动)，并与现有的IHC检测系统和ISH设置兼容。这一创新还使组织结构和光学显微镜分析的背景下实现基因表达的可视化。AMPIVIEW™ RNA探针可以设计成用于检测任何感...
为了取得成功的结果,我们使用了AMPIVIEW™ ISH探针,它结合了靶向、序列特异性RNA探针的精确度和LoopRNA™ 技术的卓越灵敏度,使它们与IHC使用的纳米聚合物检测系统兼容。这一功能强大的工具可以设计用于检测核酸表达模式和单个靶标的空间定位,或者DNA-RNA、RNA-RNA相互作用。此外,当ISH和IHC结合使用时,可以用来研究...
R-loop 测序分析优势 实验流程 结果展示 R-loop是由转录的RNA链与打开的双链DNA其中一条模板链发生碱基互补配对,形成RNA-DNA杂合链,同时使未配对的另一条DNA链游离在外组成的三方结构 。它们分布广泛,占哺乳动物基因组的 5% 。R-loop经常出现在基因组的启动子和转录终止位点, 影响R-loop形成的结构因素包括高度...
R-looP是指当某些基因转录形成mRNA分子难与模板链分离时,会形成RNA-DNA杂交体,因此R环中共有8种核苷酸,即四种脱氧核苷酸+四种核糖核苷酸。该结构可以频繁的形成并稳定的存在于基因组中,影响基因的表达。本题考查转录和翻译,要求考生识记转录和翻译的过程、场所、条件及产物等基础知识,能结合所学的知识准确判断各选项...
另一类是基于催化失活的RNase H1,此突变酶可特异性结合DNA-RNA杂合链但不行使RNA消化功能,然后再进行类似ChIP实验,代表性的技术是R-ChIP,由加州大学付向东老师团队开发(现已全职加入西湖大学)。 随着CUT&RUN和CUT&Tag逐步取代ChIP-seq之势,后续又有研究者利用MNase或Tn5酶代替ChIP过程对R-loop进行检测,分别开发出...
传统认知中,RNA聚合酶(RNAP)沿着DNA模板行进时会产生机械力,使前方DNA形成正超螺旋,后方产生负超螺旋。这种动态的拓扑张力如何转化为基因调控信号?特别是当DNA序列含有鸟嘌呤富集区(PQS)时,可能形成特殊的G-四链体(G4)结构,与转录过程中产生的DNA:RNA杂交体(R-loop)会产生怎样的协同效应?这些问题的解答对理解...
R环(R-loop)是一种由DNA:RNA杂合链和单链DNA组成的特殊染色质结构,在原核和真核生物的基因组中分布广泛且普遍存在。R环在很多关键的生物学过程中发挥重要功能,包括染色质修饰、转录调控、DNA损伤修复以及基因组稳定性等,但其精确调控机制尚不清楚。m6A修饰作为信使RNA上丰度最高的修饰类型,广泛参与哺乳动物的发育...