之前已经详细讲解了通过该工具对GEO数据进行差异基因筛选(酸菜:找不到差异基因?这个憨憨版在线分析工具了解一下),本文则会详细介绍NetworkAnalyst如何对Microarray/RNA-Seq表达谱的一站式分析。 打开该网站网址,点击Gene expression table,进入此分析模块。 首先,需要上传基因表达数据。这里有四个选项(从上往下): 1)物...
在这里,我想插入一个表格,帮助大家更直观地理解可视化RNA Seq分析平台与传统数据分析平台的区别: 通过这个表格,我们可以看到可视化RNA Seq分析平台在多个方面的优势,尤其是在数据处理速度和用户友好性上,真的是让人眼前一亮。 未来的趋势 还有一个有意思的事是,随着人工智能和机器学习的不断发展,未来的可视化RNA Seq...
决定在本平台独家首发分享一个网页版神器系列,加上之前的两个,这个就暂且命名为03吧。 独乐乐不如众乐乐,把我的宝贝都分享了吧。 此前白介素同学写过一些关于 RNA-seq数据的网络分析神器,又名碉堡的神器系列,,私下还有小伙伴批评我用词不雅,这次就改称 网页版神器好了。还写过一期关于单细胞测序数据分析工具,...
之前已经详细讲解了通过该工具对GEO数据进行差异基因筛选(点此查阅相关文章),本文则会详细介绍NetworkAnalyst如何对Microarray/RNA-Seq表达谱的一站式分析。打开该网站网址,点击Gene expression table,进入此分析模块。 首先,需要上传基因表达数据。这里有四个选项(从上往下):1)物种选择,该平台共提供了17个常规物种供选...
网址:READemption - A RNA-Seq Analysis Pipeline READemption 是对 RNA-Seq 数据进行计算评估的管道,功能包括数据读取,对齐,覆盖率计算,基因表达定量、差异基因表达分析与可视化。 1.READemption下载安装 source bin/activate conda create -n reademption python=3.9 source bin/activate reademption conda install -...
全部列出展示了,总之是上面提到的分析,勾选了Add就会出现在分析报告中, 值得注意的是,分析报告是jupyter nbviwer这样一个Notebook形式,如果想完整下载保存整个Notebook需要安装python等等其它的一些软件,白介素同学做了简单测试,但是觉得比较复杂,可能不大适合初学者,因此这里不再做详细介绍了,提供的单个下载数据已经...
对于医药学生来说是必不可少的一项科研工具,但是繁重的科研压力让学生已经不堪重负,根本没有太多时间专门去学习R语言再去分析RNAseq数据,因此今天给大家分享一个简单容易上手的在线分析工具-GEO2R。 下面跟随小编的脚步一起学习吧! 1.网页打开PUBMED,点进官网后选择下拉栏里面的GEO DataSets选项 ...
将读段回帖到基因组。这一步需要提供的是RNA-seq数据,格式目前都是FASTQ/FASTA, 最后会得到很多很多的文件,常规的SAM/BAM文件,可变剪切点文件,未回帖上的读段和常用于展示信号的WIG文件。 STAR的使用格式为 STAR --option1-name option1-value --option2-name option2-value ... ...
RNAseq下机数据: fastq.gz 配置文件: samples.txt 输出结果: 表达矩阵 差异分析结果 GO,KEGG,GSEA结果 Mutations 使用方法 #进行比对,获取差异表达结果RScriptstep1.R samples.txt ../reference/hg19#对分析结果进行可视化、功能分析等RScript step2.R
#差异表达分析 dds=DESeq(dds) #sizeFactors(dds) res<-results(dds) res<-res[order(res$padj),] #table(res$padj<0.01) #将DEG转换为数据框格式,并去掉含NA的行 DEG<-as.data.frame(res) DEG<-na.omit(DEG) ###火山图### library(ggrepel) #确定差异表达倍...