一、不同平台 RNAseq 研究的比较 在前面介绍过不同测序平台的优势,目前市场上主流测序平台主要包括短读长测序的 illumina 测序平台,华大基因的 MGI 测序平台,长度长测序的 Pacbio 测序以及牛津纳米孔 nanopore 测序。在 ncbi 的 sra数据库中,目前超过 95%的的数据均来自于 illumina 测序,这一方面是由于 illumina ...
之前已经详细讲解了通过该工具对GEO数据进行差异基因筛选(酸菜:找不到差异基因?这个憨憨版在线分析工具了解一下),本文则会详细介绍NetworkAnalyst如何对Microarray/RNA-Seq表达谱的一站式分析。 打开该网站网址,点击Gene expression table,进入此分析模块。 首先,需要上传基因表达数据。这里有四个选项(从上往下): 1)物...
这是最好的时代,这也是最坏的时代; 这是一个高通量技术蓬勃发展的时代,这也是小实验没钱做不起的时代 这是一个海量高通量数据累积共享的时代,这也是医生不会分析数据的时代 无论这是好的时代还是坏的时代,白介素同学总是会给你分享我遇到的科研神器 本期介绍的科研神器: BioJupies分析平台 功能:自动化挖掘GE...
网址:READemption - A RNA-Seq Analysis Pipeline READemption 是对 RNA-Seq 数据进行计算评估的管道,功能包括数据读取,对齐,覆盖率计算,基因表达定量、差异基因表达分析与可视化。 1.READemption下载安装 source bin/activate conda create -n reademption python=3.9 ...
生物信息学对于医药学生来说是必不可少的一项科研工具,但是繁重的科研压力让学生已经不堪重负,根本没有太多时间专门去学习R语言再去分析RNAseq数据,因此今天给大家分享一个简单容易上手的在线分析工具-GEO2R。 下面跟随小编的脚步一起学习吧! 1.网页打开PUBMED,点进官网后选择下拉栏里面的GEO DataSets选项 ...
测序平台:Illumina平台 测序读长:PE100 数据量推荐: 细胞系样本,建议每个细胞平均测:50,000 条 Raw Reads; 组织样本,建议每个细胞平均测:500,000 条 Raw Reads; PBMC(外周血单个核细胞)样本,建议每个细胞平均测:50,000 条 Raw Reads。 RNA-seq数据分析 ...
一个碉堡的GEO和RNA-seq数据在线分析神器, 不是每位小伙伴都有时间精力去学R语言,摸索软件包,代码。 幸运的是,其实早已有大佬们开发出友好的软件,甚至是在线工具,以前我们介绍过Echart(/ImageGP/),点击查看:自从用了它,导师被我的论文图片美哭,可以帮你在线制作出“热图、火山图、GO、kegg的气泡图、小提琴图”...
雷枪医学信息技术 系列课程。若无特殊说明,近期均来自该课程。 一、 第一讲:TCGA系列1-新版TCGA数据库概论网址:https://portal.gdc.cancer.gov搜索数据:转录本。
今天白介素2再给大家介绍一个神奇的网站,方便无生物信息背景的小伙伴们用以挖掘数据。 哪个网站呢?https://www./ 咱先看看神器长啥样: 看了这个界面,咱大概能猜测一下具备哪些功能,分析基因表达数据,Raw RNA-seq数据,多个基因表达数据的Meta分析,那些让不少小伙伴们为难的事,似乎它都能做到。具体的来看操作步...
RNAseq下机数据: fastq.gz 配置文件: samples.txt 输出结果: 表达矩阵 差异分析结果 GO,KEGG,GSEA结果 Mutations 使用方法 #进行比对,获取差异表达结果RScriptstep1.R samples.txt ../reference/hg19#对分析结果进行可视化、功能分析等RScript step2.R