在Seurat或者更广泛地说，在单细胞RNA-seq数据分析中，这一步通常涉及到识别表达水平在细胞间变化最大的...
8.分组的时候自己进行组别命名,命完名之后,单击每个样本,再单击分组的名字就可以把这个样本分到对应的组别里面了。 8.分完组之后,点击下方的Analyze,进行数据分析。 9.数据分析完之后,页面会自动跳转到基因表达的界面,从界面我们可以看出来,里面有不同基因的表达量,基因的名称等信息。 10.选择Profile graph这一栏,...
当然,如果自己连测RNAseq的钱都没有,也可以挖掘GEO等数据库的RNAseq数据,分析一下免疫浸润,结合自己感兴趣的基因,寻找课题思路。 拿到委托公司或者测序平台的肿瘤标本RNAseq结果,一般会提供基因count、RPKM以及TPM等表格,这些数据已经足以让我们自己在线分析免疫细胞比例的情况。今天介绍四个在线的工具:TIMER2.0,TIP,EPI...
LncRNA-seq报告解读, 视频播放量 137、弹幕量 0、点赞数 3、投硬币枚数 0、收藏人数 7、转发人数 0, 视频作者 吉凯基因, 作者简介 吉凯基因B站唯一官方号,您的科研小助手,相关视频:全基因组测序WGS报告解读,WGCNA分析,全外显子测序WES报告解读,KEGG通路注释与富集分析
Networkanalyst是一个进行基因表达分析和meta分析的在线可视化分析平台,可以进行比对、定量、基因表达差异分析和富集分析、蛋白相互作用分析、多个数据集整合分析,还可以绘制像PCA、蛋白互作网络图、热图、火山图、韦恩图等高颜值的图片。 之前已经详细讲解了通过该工具对GEO数据进行差异基因筛选(点此查阅相关文章),本...
DEApp 是一个用来对 RNA-seq 进行差异表达分析的工具。在这个工具当中,我们可以上传 RNA-seq 的原始数据进而基于不同的分组来进行差异表达分析。在DEApp当中,可以使用edgeR, limma以及DESeq2三个主流的算法来进行差异表达分析。同时也可以对三个算法的差异分析结果进行整合。
简介:GEO2R是NCBI GEO团队针对上传到GEO的芯片数据开发的一款在线差异分析、可视化作图工具,是广大数据分析人员的福音。然而,一直以来GEO2R仅针对芯片数据,对于越来越多的测序数据,只能下载所上传的matrix矩阵,进行分析,若没有上传表达矩阵,或者基因组版本不合适的话,往往还得下载原始数据重新分析,耗时耗力。最近,NCBI...
RNA seq分析网址 1.metascape https://metascape.org/gp/index.html#/main/step1 2.微生信 http://www.bioinformatics.com.cn/login/ 3.david https://david.ncifcrf.gov/ 4.string https://www.string-db.org/cgi/network?pollingId=bUAtuGu3TnKn&sessionId=bEUdpQKMnrio...
一个碉堡的GEO和RNA-seq数据在线分析神器, 不是每位小伙伴都有时间精力去学R语言,摸索软件包,代码。 幸运的是,其实早已有大佬们开发出友好的软件,甚至是在线工具,以前我们介绍过Echart(/ImageGP/),点击查看:自从用了它,导师被我的论文图片美哭,可以帮你在线制作出“热图、火山图、GO、kegg的气泡图、小提琴图”...
DAVID:提供在线功能注释服务,方便用户进行基因集的功能分析。 可视化工具: ggplot2:R语言中强大的可视化包,适用于绘制各类图形。 pheatmap:用于绘制热图,直观展示样本间的表达差异。 选择合适的工具组合,可以显著提高RNA-seq数据分析的效率和结果的可靠性。