一个碉堡的GEO和RNA-seq数据在线分析神器, 不是每位小伙伴都有时间精力去学R语言,摸索软件包,代码。 幸运的是,其实早已有大佬们开发出友好的软件,甚至是在线工具,以前我们介绍过Echart(/ImageGP/),点击查看:自从用了它,导师被我的论文图片美哭,可以帮你在线制作出“热图、火山图、GO、kegg的气泡图、小提琴图”...
而RNA-seq在线报告中,系统已经上传好项目的序列数据库了,不需要用户自己上传,这就简化了一步,操作起来更简单快捷; 2)比较实际的一点,omicsharetools里的blast工具需要花费奥币,而RNA-seq在线报告不需要奥币!在基迪奥完成的每个RNA-seq项目,都会自动生成一份在线报告。 下面我们来看一下blast分析功能的页面以及操作步骤。
RNA-seq Web Tools RNA-seq网络工具是该数据库中的一个重头戏,包含用于挖掘与癌症相关的lncRNA的复杂功能,包括一般信息,差异表达分析,箱式图,阶段图,生存分析,相似的lncRNA鉴定,相关分析,网络构建和TF基序预测。同样使用的是从TCGA数据集获得的,其中包含15878个lncRNA,33种癌症类型,9664种肿瘤和711例正常对照样品。
法医鉴定发表于Dr家硕的... NetworkAnalyst:一个逆天的RNA-seq数据挖掘神器 Networkanalyst是一个进行基因表达分析和meta分析的在线可视化分析平台,可以进行比对、定量、基因表达差异分析和富集分析、蛋白相互作用分析、多个数据集整合分析,还可以绘制像PCA、蛋白… 酸菜发表于解螺旋打开...
单细胞转录组(scRNA-seq)数据分析 与大块组织转录组数据的管理一致,scRNA-seq数据也是使用受控词汇、领域专家的同行评审和严格的质量控制。此外,还应用了最先进的细胞聚类、批次效应消除以及细胞类型识别和注释方法,为研究人员提供一致且可用于分析的数据概要。GENEVESTIGATOR由人类和小鼠scRNA-Seq数据组成,并提供不同的数据...
拿到委托公司或者测序平台的肿瘤标本RNAseq结果,一般会提供基因count、RPKM以及TPM等表格,这些数据已经足以让我们自己在线分析免疫细胞比例的情况。今天介绍四个在线的工具:TIMER2.0,TIP,EPIC以及mySORT。做分析时最好四个都跑一下,相互对比,以获取更加稳定的分析结果。需要注意的是,使用这些工具发论文的话,要记得引用软...
RNA-seq数据的处理与分析.pdf,RNA-seq Data Handling and Analysis Kevin Childs Statistical genetics/genomics journal club 中国测序论坛 Overview • Fasta/Fastq file formats • NCBI SRA • Data preparation • Bowtie/Tophat/Cufflinks • Velvet/Oases
(3)非编码RNA失调对人类疾病(包括肿瘤发生和炎症)的影响;(4)植物中miRNA的生物合成途径;(5)非编码 RNA 在调控农艺性状中的作用;(6)一种可用于研究RNA的动态变化的新技术--a6A-seq;(7) RNA 结构分析的技术进展;(8)mRNA 修饰...
【RNA-seq 数据分析实用方法 新生物学丛书(芬)E.科佩莱恩(Eija Korpelainen)等 9787030564863 科学出版社 作者:E.科佩莱恩等编著;陈建国,张海谋译出版社:科学出版社 手机专享价 ¥ 当当价 降价通知 ¥118.50 定价 ¥120.00 配送至 北京 至 北京市东城区 服务 由“华文苑图书专营店”发货,并提供售后服务...
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