这是Gene Fusion Detection: Rna-Seq Data (biostars.org)这个网站给出的检测融合基因分析的方法, 大多数都是RNA的分析,少部分是DNA的融合的分析,少部分是DNA和RNA都可以检测融合的方法 我每个软件都看了下文献,具体看是分析那个数据的,因为大多数都是RNA的检测数据,所以在这里我们还是列出DNA的一些分析和两个数...
该研究收集了DNAseq检测到的24例稀有ALK融合，其中20例融合被RNAseq或IHC确认，4例未能被RNAseq或IHC确认，被RNAseq或IHC确认融合的患者相比未能被确认的患者具有更长克唑替尼的反应时间（PFS 11.0 mo vs 2.0 mo; 图6），即RNA/蛋白水平能确认的融合患者，靶向治疗才有效。
表一MET 14号外显子跳跃检测:DNAseq vs RNAseq 左侧表格为非头对头研究数据,右侧表格为头对头研究数据 泛癌人群的基因组图谱研究中,发表在国际顶级期刊Nat Biotechnol上的一篇研究对500例不同肿瘤类型的患者样本进行DNAseq和RNAseq[4],研究结果提示在泛癌人群中,相比DNAseq,RNAseq可检测出更多融合基因(图5)。
该研究收集了DNAseq检测到的24例稀有ALK融合,其中20例融合被RNAseq或IHC确认,4例未能被RNAseq或IHC确认,被RNAseq或IHC确认融合的患者相比未能被确认的患者具有更长克唑替尼的反应时间(PFS 11.0 mo vs 2.0 mo; 图6),即RNA/蛋白水平能确认的融合患者,靶向治疗才有效。
图4 DNAseq和RNAseq的驱动突变 在专业权威杂志J Thorac Oncol上发表一篇文章中[3],比较了DNAseq和RNAseq两种方法检测肺癌MET 14号外显子跳跃的检出率,两组数据结果显示,相较DNAseq,RNAseq更敏感(表一)。 表一MET 14号外显子跳跃检测:DNAseq vs RNAseq ...
高通量测序技术的应用-DNA-seq&RNA-seq
首先，从样品中提取 RNA 并转化为互补 DNA（cDNA），用荧光标签（1）进行标记。 接下来标记的 cDNA 片段与芯片（2）上的核酸杂交。 扫描芯片检测每个斑点的荧光水平，从而得到基因表达水平（3）。 在 RNA-seq 中，RNA 也从样品中提取并转化为 cDNA，以备用于测序（A）。 接下来对 cDNA 文库进行测序（B），...
美国纪念斯隆凯特琳癌症中心分子病理的专家团队评估了靶向 DNA 测序 (DNAseq) 驱动基因变异阴性的肺癌中,RNA 测序 (RNAseq)在鉴定基因融合和 MET 基因14号外显子(METex14)跳跃突变中的显著优势。 该团队先使用获得FDA批准的DNA靶向测序...
RNAseq，即通过高通量测序技术进行转录组测序分析技术，作为研究RNA的表达水平以及表达差异基因的应用，在过去的十几年内迅速发展。而今，RNAseq在转录本变异检测，基因融合检测，可变剪切检测等场景均有大规模的应用。转录本变异检测，是指通过比较样本RNA序列和参考基因组对应序列，来寻找单碱基多态性和小片段的插入缺失...
选择DNA作为模板的原因 1.相对定量淋巴T/B细胞数量 一个gDNA的拷贝对应一个细胞,适合于需要进行相对定量的检测,如血液肿瘤微小残留病检测(MRD)应用,具体应用可参考艾沐蒽Seq-MRD®相关介绍。(点击“阅读原文”,了解更多有关Seq-MRD®) 2.样本要求相对较低 ...