通过结合新兴的三代长读长long-read和direct RNA-seq技术,以及更好的计算分析工具,RNA-seq帮助大家对RNA生物学的理解会越来越全面:从转录本在何时何地转录到RNA折叠以及分子互作发挥功能等。 前言 RNA测序(RNA-seq)自诞生起就应用于分子生物学,帮助理解各个层面的基因功能。现在的RNA-seq更常用于分析差异基因(DGE,...
通过结合新兴的三代长读长long-read和direct RNA-seq技术,以及更好的计算分析工具,RNA-seq帮助大家对RNA生物学的理解会越来越全面:从转录本在何时何地转录到RNA折叠以及分子互作发挥功能等。 前言 RNA测序(RNA-seq)自诞生起就应用于分子生物学,帮助理解各个层面的基因功能。现在的RNA-seq更常用于分析差异基因(DGE,...
大部分应用都是基于 Illumina short-read 测序,但最近基于 long-read RNA-seq 和 direct RNA sequencing (dRNA-seq) 的方法可以帮助解决 Illumina short-read 技术处理不了的问题。 本文中,我们先熟悉'baseline'流程,用short-read RNA-seq技术分析DGE。先描述短读长测序的 文库 构建过程、实验设计注意事项和计算...
参考https://gatk.broadinstitute.org/hc/en-us/articles/360035531192-RNAseq-short-variant-discovery-SNPs-Indels-流程,以SRR11618713、SRR11618726、SRR11618727三个单细胞转录组数据为例,进行RNA-Seq variant calling(SNP+INDEL)分析; 由于基本流程类似DNA-seq,所以每一步详细介绍可参考上一篇笔记。 GATK:Best Prac...
早期的RNA-seq实验从细胞群(如来源于某个组织或器官的细胞)中得到DGE数据, 并可以应用于很多物种,如玉米(Zea mays),拟南芥(Arabiodopsis thaliana),酿酒 酵母(Saccharomyces cerevisae),鼠(Mus musculus)和人(Homo sapiens)。虽然 RNA-seq这个词通常包含很多不同的RNA相关的方法或生物应用,但DGE分析始终是 ...
当使用RNA-seq数据进行变异检测 (variant calling)时,UMIs也非常有用。高表达的转录本更容易达到适合变异检测的高覆盖率要求,尤其在考虑了重复reads时,而UMIs可用于移除PCR扩增引入的reads,从而校正等位基因频率的计算。UMIs已成为单细胞RNA-seq (scRNA-seq)的文库制备试剂盒的标配,也越来越多的用于常规RNA-seq。
当使用RNA-seq数据进行变异检测 (variant calling)时,UMIs也非常有用。高表达的转录本更容易达到适合变异检测的高覆盖率要求,尤其在考虑了重复reads时,而UMIs可用于移除PCR扩增引入的reads,从而校正等位基因频率的计算。UMIs已成为单细胞RNA-seq (scRNA-seq)的文库制备试剂盒的标配,也越来越多的用于常规RNA-seq。
虽然这些错误与识别变化(variant calling)有关,但在RNA-seq中,每个碱基都被正确识别并非那么重要而长读长测序的目标是要阐明转录本和异构体(While these error rates are of concern for variant calling, in RNA- seq it is less crucial that every base be called correctly, as the goal is only to ...
当使用RNA-seq数据进行变异检测 (variant calling)时,UMIs也非常有用。高表达的转录本更容易达到适合变异检测的高覆盖率要求,尤其在考虑了重复reads时,而UMIs可用于移除PCR扩增引入的reads,从而校正等位基因频率的计算。UMIs已成为单细胞RNA-seq (scRNA-seq)的文库制备试剂盒的标配,也越来越多的用于常规RNA-seq。
UMIs已经被证明能够降低变异和错误发现率来提升RNA-seq中的DGE数据分析,并且这种方法在单细胞数据分析方面也有着重要作用,单细胞数据中的扩增偏倚可能更为严重。当试图在RNA-seq数据中进行变异检测(variant calling)时,UMIs也非常有用。虽然高表达的转录本可以产生适合这种变异检测的高覆盖率,尤其是包含了了这种重复时...