STAR --runMode genomeGenerate --runThreadN 10 --genomeDir$RNAseq/RNAindex --genomeFastaFiles /genome/hg19/hg19.fa --sjdbGTFfile /picb/epigenome/data/genome/hg19/hg19_refGene.gtf --sjdbOverhang 100 #mapping STAR --runThreadN 10 --readFilesIn$RNAseq/MCF10AR1.fastq$RNAseq/MCF10AR2.fastq...
Reads mapping通常是深度测序数据分析的第一步。基于深度测序技术,RNA-Seq产生的reads在长度、数量、质量等方面与基因组重测序产生的DNA reads具有相似的特性。例如,它们都存在长度短、数量多、质量参差不齐、错误率高等问题。 然而,RNA-Seq测序数据也有其自身的特点,因为它来自RNA转录本。具体来说,在从DNA到mRNA的...
单细胞RNA测序(scRNA-seq)SRA数据下载及fastq-dumq数据拆分 单细胞RNA测序(scRNA-seq)Cellranger流程入门和数据质控 细胞定量是scRNA-seq重要的分析步骤,主要是进行细胞与基因的定量, cell ranger将比对、质控、定量都封装了起来,使用起来也相当便捷。 1. 参考基因组和注释文件准备 1.1 参考基因组、注释下载和参考基...
库以每泳道24个库的形式进行多路复用,并在Illumina HiSeq 2500系统上对67 bp的单端读取进行测序 3.3 Reads Mapping 1.使用Bowtie [18]将原始读物映射到参考基因(例如人类hg19 Refseq参考),从而允许最多两个错配和最多20个多重匹配。 映射的预期阅读计数和TPM可以通过RSEM估算[19]。 3.4 Classification ofCells i...
作者用的是microfluidic chips捕获单细胞,用SMARTer Ultra Low RNA Kit建库,Hiseq-2500测序。STAR用于把reads与标准序列对照,基因reads归一化为TPM(使用RSEM),RNA-SeQC对RNA-seq数据进行质量控制,过滤标准如下: 细胞基因1. number of total reads1. 样本中TPM<1的基因直接用0替代2. mapping rate2. 转换为log2(...
RNA-seq,即通过高通量测序技术进行的转录组测序分析技术。最初作为研究mRNA,small RNA,non-coding RNA 等表达水平、表达差异基因的应用,在过去的十几年内迅速发展。而今, RNA-seq 在转录本变异、基因融合、可变剪切检测等场景均有大规模的应用。靶向 RNA-seq 则是对特定的转录本进行重点分析,与标准RNA-seq 类似...
Reads mapping通常是深度测序数据分析的第一步。基于深度测序技术,RNA-Seq产生的reads在长度、数量、质量等方面与基因组重测序产生的DNA reads具有相似的特性。例如,它们都存在长度短、数量多、质量参差不齐、错误率高等问题。 然而,RNA-Seq测序数据也有其自身的特点,因为它来自RNA转录本。具体来说,在从DNA到mRNA的...
Reads mapping通常是深度测序数据分析的第一步。基于深度测序技术,RNA-Seq产生的reads在长度、数量、质量等方面与基因组重测序产生的DNA reads具有相似的特性。例如,它们都存在长度短、数量多、质量参差不齐、错误率高等问题。 然而,RNA-Seq测序数据也有其自身的特点,因为它来自RNA转录本。具体来说,在从DNA到mRNA的...
(base) kelly@DESKTOP-MRA1M1F:/mnt/f/rna_seq/aligned$ # 小鼠和人是分开各自比对自己的index # 人的比对 $ for ((i=56;i<=58;i++));do hisat2 -t -x /mnt/f/rna_seq/data/reference/index/hg19/genome -1 /mnt/f/rna_seq/data/SRR35899${i}.sra_1.fastq.gz -2 /mnt/f/rna_seq...
Bulk RNA-seq 分析的一个重要任务是分析差异表达基因，我们可以用omicverse包 来完成这个任务。在omic...