done 可以看到,40线程,每个样本只需要2min就mapping结束 bam文件输出的文件夹/data/bio-wenzl/bam要提前mkdir构建好,否则会报错找不到输出文件夹 结束后,会在bam文件夹里,产生.bamAligned.sortedByCoord.out.bam文件,这是接下来要做Align和定量的关键性文件 如果想提取每个样本Mapping的信息,可以cat bamLog.final....
RNA测序数据回贴与组装 (RNA-Seq Mapping& Assembling) Reads mapping通常是深度测序数据分析的第一步。基于深度测序技术,RNA-Seq产生的reads在长度、数量、质量等方面与基因组重测序产生的DNA reads具有相似的特性。例如,它们都存在长度短、数量多、质量参差不齐、错误率高等问题。 然而,RNA-Seq测序数据也有其自身的...
RNA测序数据回贴与组装 (RNA-Seq Mapping& Assembling) Reads mapping通常是深度测序数据分析的第一步。基于深度测序技术,RNA-Seq产生的reads在长度、数量、质量等方面与基因组重测序产生的DNA reads具有相似的特性。例如,它们都存在长度短、数量多、质量参差不齐、错误率高等问题。 然而,RNA-Seq测序数据也有其自身的...
RNA测序数据回贴与组装 (RNA-Seq Mapping& Assembling) Reads mapping通常是深度测序数据分析的第一步。基于深度测序技术,RNA-Seq产生的reads在长度、数量、质量等方面与基因组重测序产生的DNA reads具有相似的特性。例如,它们都存在长度短、数量多、质量参差不齐、错误率高等问题。 然而,RNA-Seq测序数据也有其自身的...
把测到的 RNA 片段,mapping(比对)到基因组上。比对有多少的 RNA 片段,是在靠近基因的 5'端的位置,又有多少片段在是靠近基因的 3'端的位置。 如上图所示,就是把所有的基因,都按其外显子的长度拉直,后归一化到 。这里我们观察比对上的片段,有多少是落...
一、mapping比对软件的选择 1.比对软件有tophat、bwa、bowtie2、killisto、salmon和STAR等等。但通过实验(作者用的都是默认的参数)得到的结论:比对软件对RNA-seq最后找DEG的影响非常的小,主要影响是有关于剪切比对及所耗计算机资源和比对速度。 image.png ...
由于测序仪机器读长的限制,在构建文库的过程中首先需要将DNA片段化,测序得到的序列只是基因组上的部分序列。为了确定测序reads在基因组上的位置,需要将reads比对回参考基因组上,这个步骤叫做mapping。目前mapping的工具有很多,这里用的是hisat2 01 HISAT2官网下载index ...
我们拿到数据之后,就要做 map。现在相对早的方式,像 bowtie、BWA 可能大家都会用,这里我们以 bowtie 为例。Mapping 是指把测到的数据向参考基因组拼接的过程,结果报告会显示,你的 reads 有多少 map 上了,然后会生成一个相应的文件,每一行是什么都会有注释。
2. 序列比对,将测序得到的短 reads 序列往参考基因组上 mapping; 3. 差异表达基因鉴定。 更详细的内容见软件官网 HISAT2: graph-based alignment of next generation sequencing reads to a population of genomes 一、建索引 下载参考基因组和相应的注释文件: ...
2、RNA基因组比对(RNA Mapping)采用Hisat2/Mapsplice/Star/Tophat2等算法进行基因组比对,得到基因组比对的bam文件,并基于bam文件进行信息统计,得到基因组比对率、reads在基因结构和染色体上的分布结果。图2部分展示了RNA基因组比对结果。 reads在基因结构和染色体上的分布情况 ...