批量分析bulk-RNAseq data核心要点: 利用诺禾提供的lnd文件,对云盘里的数据进行批量下载,cp -d 云盘路径 服务器 随后将子文件里所有fq文件转移到统一文件夹,mv ./*/* 目的文件夹 利用ls | grep “?” 命令批量获取文件夹下的文件夹名称或者文件名称 利用for循环,for file in Name, 批量做mapping,${file} ...
Reads mapping通常是深度测序数据分析的第一步。基于深度测序技术,RNA-Seq产生的reads在长度、数量、质量等方面与基因组重测序产生的DNA reads具有相似的特性。例如,它们都存在长度短、数量多、质量参差不齐、错误率高等问题。 然而,RNA-Seq测序数据也有其自身的特点,因为它来自RNA转录本。具体来说,在从DNA到mRNA的...
Reads mapping通常是深度测序数据分析的第一步。基于深度测序技术,RNA-Seq产生的reads在长度、数量、质量等方面与基因组重测序产生的DNA reads具有相似的特性。例如,它们都存在长度短、数量多、质量参差不齐、错误率高等问题。 然而,RNA-Seq测序数据也有其自身的特点,因为它来自RNA转录本。具体来说,在从DNA到mRNA的...
Reads mapping通常是深度测序数据分析的第一步。基于深度测序技术,RNA-Seq产生的reads在长度、数量、质量等方面与基因组重测序产生的DNA reads具有相似的特性。例如,它们都存在长度短、数量多、质量参差不齐、错误率高等问题。 然而,RNA-Seq测序数据也有其自身的特点,因为它来自RNA转录本。具体来说,在从DNA到mRNA的...
RNA-seq数据分析 判断测序的质量 分析的第一步,一般是先把测到的RNA片段,先mapping(比对)到基因组上。在比对完后,可以先看一下,有多少RNA片段是在靠近基因的5'端位置,又有多少片段在是靠近基因的3'端位置。 上图就是把所有的基因,都按其外显子的长度拉直,然后归一化到“0 - 100”的长度。看比对上的片段...
Bulk RNAseq上游比对1:大致流程与conda环境 - 简书 (jianshu.com)[https://www.jianshu.com/p/e6cb7643bfff...
RNA- seq 的数据处理主要分为以下几个过程: 1. 测序数据质控,以及参考基因组和注释文件下载; 2. 序列比对,将测序得到的短 reads 序列往参考基因组上 mapping; 3. 差异表达基因鉴定。 更详细的内容见软件官网 HISAT2: graph-based alignment of next generation sequencing reads to a population of genomes ...
RNA-seq的counts值,RPKM, FPKM, TPM 的异同 现在常用的基因定量方法包括:RPKM, FPKM, TPM。这些表达量的主要区别是:通过不同的标准化方法为转录本丰度提供一个数值表示,以便于后续差异分析。 标准化的主要目的是去除测序数据的技术偏差:测序深度和基因长度。
PART 1: UCSC 及 Roadmap 数据库的介绍 UCSC 数据库:一个存储 ENCODE 计划数据的数据库。如果你做 seq data,不管你是做实验的还是做信息学分析的,你都会用到这个 UCSC 数据库。这里面我会展示几个常用的板块。 UCSC 简介: 1. 给浏览基因组数据提供了可靠和迅速的方式。
数据分析 分布均匀性统计 把测到的 RNA 片段,mapping(比对)到基因组上。比对有多少的 RNA 片段,是在靠近基因的 5'端的位置,又有多少片段在是靠近基因的 3'端的位置。 如上图所示,就是把所有的基因,都按其外显子的长度拉直,后归一化到 。这里我们观察...