1、原始数据质控以原始数据为研究对象,采用Fastp软件对于低质量序列,未检测序列,接头序列进行过滤,并对于过滤前后数据的碱基质量、GC含量、长度分布、接头留存和Duplication比率等指标进行分析。图1中部分展示了raw data质控结果。 碱基质量结果图 注:左图横坐标代表碱基位点,纵坐标代表碱基质量值,不同颜色曲线代表不同碱...
KEGG是目前公认的、最权威的基因功能数据库。其中的通路分析是KEGG的核心内容。目前对于通路的分析、注释,大多数是基于KEGG通路来做的。 散点图是KEGG富集分析结果的图形化的展示方式。在散点图中,KRGG富集程度通过Rich factor、 Qvalue和富集到此通路上的基因个数来衡量。 上述图中,点的面积越大,则富集的基因鼠...
KEGG(Kyoto Encyclopaedia of Genes and Genomes,《京都基因和基因组百科全书》)是目前公认的、最权威的基因功能数据库。其中的Pathway(通路)是KEGG的核心内容。目前针对Pathway的分析、注释,大多数是基于KEGG Pathway来做的。 散点图是KEGG富集分析结果的图形化展示方式。 图中,KEGG富集程度通过Rich factor、Qvalue和...
Pat2用于展示RNA-seq测序数据是否来源于RNA 花了大价钱完成RNA测序,获得的数据如果不是来源于RNA,就等于钱白花了。所以,测序数据与参考序列的比对分析,是RNAseq数据分析关键的一步,通常使用RNA_seQc软件绘制序列比对饼状图。 03 样本reads在参考基因组不同区域的分布图 (展示得到的数据是否来源于基因编码区) 说明:...
1.下机数据展示*DV200 表示样本中大于200nt的RNA 片段所占的比例,对于降解严重的FFPE 样本,DV200值能够更好的反应样本的质量。2.一致性对比分析(二)Oligo-dT磁珠富集样本信息:模式作物拟南芥 RNA试剂盒:翌圣:Hieff NGS® Ultima Dual-mode RNA Library Prep Kit(Cat#12252)...
e) 右击散点图,选择“添加数据”分别把其他两组数据添加进去,Volcano Plot就做好了。 插入XY散点图 Heatmap 绘制起来要稍微麻烦一些,我暂时还没找到可以用Excel绘制Heatmap比较简单的方法或者程序包。为了简便起见,我选择了一个免费软件MeV (Multiple experiment viewer) 下载地址:http://www.mybiosoftware.com/mev...
一、kibana面板介绍 Discover:查询数据 Visualize:统计图表 Dashboard:显示面板,添加相应的图表在面板中 Settings:创建索引 二、图表创建 1、饼图创建 以创建一个状态码统计为例,进入Visualize页面,选择Pie chart控件 选择“From a new search”,进入可视化配置界面 选择Split Slices 定义图... ...
二. 介绍完两种基本数据类型后,我们以我们用TCGA上下载的肝癌和胆管癌RNA-seq数据来举例说明一下分析过程。 我们在得到数据后,对样本的整体情况要有一个大致的判断,这样才能保证数据分析前没有问题。 1各样本表达的情况。 用箱线图看一下,不同样品之间的表达量的均值要相对一致。若不一致,后序要用经过标准化至...
前面我们提到了:CNS图表复现10—表达矩阵是如何得到的,有粉丝提问,既然都开始走RNA-seq数据的上游分析了,到Linux服务器操作了,难道仅仅是为了拿到表达矩阵文件吗?RNA-seq数据分析可以有很多啊,比如融合基因,可变剪切,甚至变异位点。 的确文章正文是注明了全部的肿瘤病人的所有的癌症测序样品的热点区别情况,就是图1的:...
使用ComplexHeatmap绘制临床数据注释图 ,重点在于构建一个和临床数据相同列的0矩阵。 # 提取想展示的临床数据riskScore_cli2 <- riskScore_cli2 %>%select(riskScore:tumor_stage,Age) %>%select(-"age")# 构建列注释块ha=HeatmapAnnotation(df=riskScore_cli2)# 构建zero矩阵zero_row_mat=matrix(nrow=0,...