如Expression of hub genes of endothelial cells in glioblastoma-A prognostic model for GBM patients integrating single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing中下图所示 最初我完成该图的方法是用含有基因表达的热图,然后截图或者PS成只有临床指标。这里介绍使用ComplexHeatmap直接完成该图。 一 载入R包,...
在常规RNA-seq项目中,一般样本不多,实验处理效应组合数通常不会超过10种(例如,2类病人× 3个时间点取样 = 6种处理组合),因此每个实验处理效应在所有因素的总体效应中占比都比较大,属于效应比较大的因素。 另外,实验批次效应,离群样本等也属于比较大的效应。以上的效应都易于被PCA获取,因此 PCA的方法可以良好地...
首先ATAC-seq数据差异分析拿到的 differentially accessible (DA) peaks 可以去对应到基因组的基因,然后RNA-seq数据通常就有差异表达基因,两个基因集就可以取交集,做韦恩图:可以看到,这个图里面并没有秀全部的基因,仅仅是差异的那些,RNA-seq和ATAC-seq数据各自的差异都有自己的流程和阈值,两个联合起来就是散点图啦...
WGCNA (weighted gene co-expression network analysis)权重基因共表达网络分析(流程模块见下图),可将表达模式相似的基因进行聚类,并分析模块与特定性状或表型之间的关联,常用于筛选关键表型的hub基因 ,是RNAseq分析中的一块很重要的拼图。而之所以叫组学数据黏合剂是因为表型可以是患者的临床信息(生存信息,分期信息,基线...
聚类热图是生物医学论文中最常见的一类图。一般情况下我们认为cluster(聚类)、heatmap(热图)两个词表达的是同一个意思,往往相互替代。然而这两个词还是有区别的,cluster是数据处理,heatmap是数据展示。其过程是:用我们拿到的表达矩阵根据不同的聚类方法和不同的距离算法算出另外一个矩阵,然后对这个矩阵进行上色,以he...
伪批量(pseudo-bulk)指的是将单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据,按照基因累加counts表达值,当作样本或细胞类型的Bulk RNA-seq数据,目的是比较样本或细胞类型间的总体差异。一般有两种形式: 形式1:将一个样本的单细胞数据合并成一个样本的bulk数据,使不同样本之间具有可比性,如图1 ...
伪批量(pseudo-bulk)指的是将单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据,按照基因累加counts表达值,当作样本或细胞类型的Bulk RNA-seq数据,目的是比较样本或细胞类型间的总体差异。一般有两种形式: 形式1:将一个样本的单细胞数据合并成一个样本的bulk数据,使不同样本之间具有可比性,如图1 ...
来自数据集的人多发性骨髓瘤 (MM) 细胞GSE118900单细胞 RNA-seq 转录组分析。 图一 a 显示所有单细胞中表达基因数量的分布图。 b 图显示所有单细胞的总计数分布。 C图显示了线粒体基因组在所有单细胞中的分布。 d对MM细胞中收集的单细胞前20个主成分采用Jackstraw法。
>> 打开https://portal.gdc.cancer.gov,输入TCGA-LAML(图12) 图12 >> 下载RNA-seq数据 TCGA-LAML数据库中一共有200例,有RNA-seq数据的只有151例(图13) 图13 点击进入后,选择HTSeq-FPKM这种RNA-seq结果呈现方式,再点击Add all files to carts,点击Download-Cart,即可获取每个病例的RNA-seq结果,搜索ENSG...
拿了一组RNA-seq数据，用药组和对照组的转录组，每个都有两个独立重复 想按照功能把所有基因分类，然后...