目前已知染色质修饰因子MORC和HDAC3是基因性分化的关键基因,apetala蛋白(AP2)会和MORC协同作用共同调控基因表达,它们被认为是所有类囊体物种生命周期转换的重要调节因子。本研究通过整合RNA测序、蛋白质组学分析、ChIP-seq、ATAC-seq数据以及实验验证强调了两个AP2抑制因子在协调特定发育阶段遗传程序表达中的作用,从而揭示...
本文作者首先利CRISPR-cas9和RNA-seq技术,从PTEN缺陷前列腺癌(PCa)细胞中筛选到了调控染色质重构的BRG1,接着利用一些列CoIP及Western实验验证了PTEN是通过PTEN/AKT/GSK3β/FBXW7轴来调控BRG1的泛素化降解,以此来调控BRG1的稳定性。然后,利用RNA-seq、ChIP-seq及ATAC-seq联合分析BRG1调控的下游靶基因,并进一步证明了...
全面的RNA-seq分析显示,C末端在肝脏特异性p53靶点的转录激活中需要发挥额外作用。作者推测,抑制凋亡基因表达和增强肝脏特异性靶点激活都会导致组织特异性放射抵抗。相关研究成果以“In vivo RNA-seq and ChIP-seq analyses show an obligatory role for the C terminus of p53 in conferring tissue-specific radiation ...
目前已知染色质修饰因子MORC和HDAC3是基因性分化的关键基因,apetala蛋白(AP2)会和MORC协同作用共同调控基因表达,它们被认为是所有类囊体物种生命周期转换的重要调节因子。本研究通过整合RNA测序、蛋白质组学分析、ChIP-seq、ATAC-seq数据以及实验验证强调了两个AP2抑制因子在协调特定发育阶段遗传程序表达中的作用,从而揭示...
从RNA-Seq层面,我们可以探究哪些基因具有显著差异,上调或下调;从ChIP-Seq层面,我们可以研究某个特定转录因子的调控作用;从ATAC-Seq我们可以了解到染色质可及性的动态变化,由于染色质的可及性与调控元件或转录因子的结合密切相关,在转录调控中发挥着重要的作用。因此,整合分析可以进一步探究调控某一生物学过程的关键因子...
二个月从零基础开始, 单细胞测序、chipseq、RNAseq、Atacseq 空间转录组和外显子等。 将生信内容全部学懂(理解)、学会(会敲代码分析)、学透彻(站在顶层设计角度理解)、学以致用(用到自己的标书申请和文章发表中)。 主讲老师华哥...
医学RNA-seq转录组学数据分析,包括chip-seq、hic数据分析以及生信分析。具体服务内容如下: 转录组分析(RNA-seq)📈 从原始测序结果文件到下游差异基因表达分析,包括GO/KEGG富集分析。 circRNA-seq🔄 分析circRNA的表达模式和功能。 chip-seq数据分析🔍
学习交流chenxh412, 视频播放量 0、弹幕量 0、点赞数 0、投硬币枚数 0、收藏人数 0、转发人数 0, 视频作者 Ma_jour, 作者简介 ,相关视频:公共数据库将单细胞与空间转录组发表5分以上SCI医学会员免费学,利用生信热点从零基础到手握3-5分生信文章医学会员免费学,单细胞空
seq是从整体组织或细胞的转录水平,系统研究基因的转录图谱,其测定的数据中除了转录因子的表达信息外,还有其它基因的测定结果;ATAC-seq则是在全基因组范围内检测染色质的开放程度,得到全基因组范围内蛋白质可能结合的位点信息,从而筛选感兴趣的特定转录因子(在实际应用中ATAC-seq通常会与其他测序如RNA-seq、ChIP-seq等...
ENCODE-DCC/rna-seq-pipeline 安装比较麻烦,没有针对local的一键安装,但我们可以借鉴Dockerfile文件里面的安装方法。 也可以模仿chip-seq-pipeline2/scripts/install_conda_env.sh的安装方法。 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 ...