加上新的长读长 (long-read,注:在本文中,RNA-seq测序生成的read统一译为“读长“)和直接RNA-seq(direct RNA-seq)技术以及用于数据分析的更好的计算工具的整合,RNA-seq技术的创新有助于人们更全面地理解RNA生物学,例如从何时何地转录发生到控制RNA功能的折叠和分子间相互作用等问题。 前言 RNA-seq技术出现于...
通过结合新兴的三代长读长long-read和direct RNA-seq技术,以及更好的计算分析工具,RNA-seq帮助大家对RNA生物学的理解会越来越全面:从转录本在何时何地转录到RNA折叠以及分子互作发挥功能等。 前言 RNA测序(RNA-seq)自诞生起就应用于分子生物学,帮助理解各个层面的基因功能。现在的RNA-seq更常用于分析差异基因(DGE,...
RNA测序(RNA-seq)在过往十年里逐渐成为全转录组水平分析差异基因表达和研究mRNA差异剪接必不可少的工具。随着二代测序技术 (NGS)的发展,RNA-seq的应用也越来越广。现已经可以应用于很多RNA层面的研究,比如单细胞基因表达、RNA翻译(translatome)和RNA结构组(structurome结构组学)。新的有意思的应用,如空间转录组学(...
早期的RNA-seq从大量的实验样本中产生了DGE数据,这充分说明了RNA-seq在广泛的生物体以及系统中的使用,这些生物体包括玉米(Zea mays), 拟南芥(Arabiodopsis thaliana), 酿酒酵母(Saccharomyces cerevisae),小鼠(Mus musculus)以及人类。虽然RNA-seq这个术语经常被用于那些完全不同的方法学方法和/或生物学,但是DGE分析...
十年前,专业实验室通过 scRNA-seq对人类癌症样本进行了初步研究。这些早期研究对通过流式细胞术分离到孔中或通过微流体装置分离到不同室中的单细胞进行了分析。虽然这些研究提供了对癌症和免疫细胞表达程序的详细见解,但它们受到可扩展性的限制,通常每个样本只有几十或数百个细胞。随着微滴等高通量方法的开发以降低的...
RNA-seq技术出现于十年之前,自其诞生之日起,RNA-seq就成了研究分子生物学的普遍工具,这项技术几乎构成了我们对基因组功能的认知基础 。RNA-seq中最常用的分析方法就是找出差异基因表达(Differential gene expression, DGE)。从最早的出版期刊开始,DGE分析的基本阶段就未发生实质性的改变。 在实验室中,其标准流程就...
学习生信技能树的RNA-seq这十年(3万字长文综述) 首先是目前10年来测序技术的的发展平台的更迭变化 来自生信技能树 我摘抄了重点的内容关于不同读长方式测序结果的优缺点比较如下 短读长、长读长cDNA与直接RNA-seq分析的比较。超过90%的人类基因(gene)存在可变剪接,它们会形成两个或更多的可表达异构体(转录本x与...
已发表的大量肿瘤scRNA-seq数据集意味着大多数与癌症相关的细胞类型和细胞状态可能已经被描述。细胞类型和细胞状态的相应特征可用于改进批量RNA-seq的反卷积分析。反卷积是指估计样本中的细胞类型和细胞状态频率,以便所有这些细胞的组合表达谱将为观察到的批量RNA-seq 谱提供最佳的拟合。这种方法近年来被广泛应用,促进从...
常规RNA-seq进阶 源于整块组织和/或大量细胞的RNA-seq数据已经彻底改变了我们对生物学的理解,但是这种常规的RNA-seq无法轻易地分辨出特定的细胞类型,也无法保存空间信息,而这两个信息都是理解生物系统复杂性的关键因素。促进研究者们从常规的RNA-seq走出去的情形与常规RNA-seq当初出现的理由类似,但这种进阶能够能够解...
RNA测序(RNA-seq)在过往十年里逐渐成为全转录组水平分析差异基因表达和研究mRNA差异剪接必不可少的工具。随着二代测序技术 (NGS)的发展,RNA-seq的应用也越来越广。现已经可以应用于很多RNA层面的研究,比如单细胞基因表达、RNA翻译(translatome)和RNA结构组(structurome结构组学)。新的有意思的应用,如空间转录组学(...