首先我们要知道RNA-seq的数据为什么要标准化,RNA-seq要解决的一个关键问题就在于定量,像qPCR一样,这样不同样本才能比较,而这些标准化的方法主要想解决两个问题: 我们一个个介绍: FPKM的计算公式如图 其中C是比对到该基因的外显子上的片断数,N是所有map至基因组的reads的碱基数,L就是该基因外显子碱基全长。 ...
1.6. Median of Ratio (DESeq2) 该方法基于的假设是,即使处在不同条件下的不同个样本,大多数基因的表达是不存在差异的,实际存在差异的基因只占很小的部分那么我们只需要将这些稳定的部分找出来,作为标准化的内参,依据内参算出各个样本的标准化因子 (1)对每个基因计算几何平均数,得到一个假设的参考样本(pseudo-...
在过去的十年中,RNA测序(RNA-seq)成为差异基因表达、mRNA差异剪接等研究场景不可或缺的重要手段。随着高通量测序技术的不断发展,RNA-seq的研究技术、分析方法也在不断发展。现在RNA-seq用于研究RNA相关的各方面生物学问题,包括单细胞基因表达、RNA翻译、RNA结构、空间转录学、全转录组、RNA-蛋白互作等。对于RNA-seq...
首先我们要知道RNA-seq的数据为什么要标准化,RNA-seq要解决的一个关键问题就在于定量,像qPCR一样,这样不同样本才能比较,而这些标准化的方法主要想解决两个问题: image.png 我们一个个介绍: FPKM的计算公式如图 其中C是比对到该基因的外显子上的片断数,N是所有map至基因组的reads的碱基数,L就是该基因外显子碱...
RNA-Seq 实验中不同的 DNA 拷贝数主要是由两个因素的引起的: ➊细胞中转录本的表达水平在几个数量级之间变化:一些转录本可以以每个细胞超过 10,000 个拷贝的方式存在,但其他转录本可能仅以非常低的水平表达,只有 1-2 个拷贝。 总RNA 样本中最丰富的转录本是 rRNA、tRNA 和管家基因mRNA。此外,组织或样本特...
批量RNA测序(bulk RNA-seq)可以在给定时间内揭示肿瘤中所有基因和TME的存在及数量,但如果没有细胞反卷积技术,仅凭总RNA表达量无法确定单个RNA分子的细胞起源。近期,科研人员开发了基于深度学习的反卷积方法,但这些方法往往需要对相同组织...
为了检测scRNA-seq中潜在的技术工件(坏样本),以前的研究使用了各种策略,这些策略通常可以分为三类。第一类是利用保留基因进行质量控制(QC)。例如,如果某些管家基因(如Actb)被过滤掉,细胞就会被过滤掉Gapdh)未表达或表达异常[10,11]。 这种方法的假设是管家基因高度一致地表达。 对于散装RNA来说确实如此,但对于单...
这可以作为进一步分析确定驱动细胞表型转变的基因表达程序的起点。 一、扩散映射(Diffusion Map) 扩散映射是Coifman等人(2005)引入的非线性降维方法。扩散映射基于一个距离度量(扩散距离),这在概念上与细胞如何遵循嘈杂的类扩散动力学有关,从多能状态向更分化...
MeRIP-qPCR用以对目标基因上的某个修饰位点(以一小段区域的形式,MeRIP法精确不到单碱基)的修饰水平进行验证。其原理同MeRIP-seq测序中MeRIP实验相同,实验基本操作也一致:对RNA进行片段化,然后将片段化后的RNA样品分为两部分:一部分用于免疫共沉淀实验(IP)后作为IP样品,另一部分不进行IP直接作为Input样品。之后再根...
在RNA-Seq中一般有两种方法矫正:第一种方法是通过持家基因(Housekeeping gene),因为默认为管家基因的表达量在样本中是基本不变的。但其实这种办法有一个非常强的先验假设:housekeeping gene的表达量不怎么发生变化。其实housekeeping gene list有几千个,这几千个基因有一定程度上的变化是有可能的。第二种是在RNA-Seq...