GO可以在GO:BP(生物过程),GO:MF(分子功能),GO:CC(细胞组分)三个方面分别进行注释,用的比较多的是GO:BP,但其他两方面也很重要。 外还有一个软件不得不提,那就是IPA(Ingenuity pathway analysis),这是一个收费软件,有基本版和高级版。我个人觉得它的upstream regulator analysis还是很不错的。分子激活功能等也...
此外,研究人员还证明,TEQUILA-seq可以在定量目标RNA分子的同时大大提高检测能力。 共同通讯作者、费城儿童医院计算与基因组医学中心主任Yi Xing博士表示:“TEQUILA-seq使用便宜的试剂和简单的实验流程,就能够对许多生物样品中的全长RNA分子进行深度测序。这非常令人兴奋,它让广泛的医学应用成为可能,从RNA引导的基因诊断到...
2017年发表在Nature Methods杂志上的SCENIC算法,利用单细胞RNA-seq数据,同时进行基因调控网络重建和细胞状态鉴定,应用于肿瘤和小鼠大脑单细胞图谱数据,提出并证明了顺式调控网络分析能够用于指导转录因子和细胞状态的鉴定。SCENIC通过使用生物学驱动的features自动清除肿瘤样本特异性等批次效应。 基因调控网络 我们要深刻了解SC...
bulk RNA-seq | 下游分析 | 差异分析 DESeq2-补1-统计结果缺失值 一方面,大家不是计算机,确实很难记住所有基因的功能,另一方面生物功能的执行往往涉及多个基因或蛋白的相互作用,直接注释会发现大量功能交叠现象,导致分析结果冗余,不利于进一步的精细分析。这时最常听到的语句就是——你去做一下富集(enrichment)分析。
2024年5月12日,深圳市基因调控与系统生物学重点实验室Md. Alamin、浙江大学生物信息学研究所Haiming Xu等人在Briefings in Bioinformatics(IF-9.5)上发表研究成果:Single-cell RNA-seq data analysis reveals functionally relevant biomarkers of early brain de, 视频
首先使用单细胞RNA测序(scRNAseq)和bulk RNA测序(RNA-seq)数据,鉴定出AML中与氧化应激相关的基因,并对其进行了功能注释和生物信息学分析。接着,通过功能富集分析等方法,探讨这些基因在AML细胞中的生物学过程和通路。分析氧化应激相关基因与AML患者的预后和化疗敏感性的关系,并建立了一个基于氧化应激相关基因的分子表型...
通过RNA-Seq技术,我们发现在实验组小鼠卵巢组织中,有大量基因的表达发生了改变。其中,与抗氧化、抗炎、细胞增殖和凋亡等相关的基因表达明显上调,而与衰老相关的基因表达则明显下调。这表明藻蓝蛋白可能通过调节这些基因的表达,从而发挥其对卵巢功能的恢复作用。 2.信号通路分析 进一步分析发现,藻蓝蛋白处理的实验组小鼠...
细胞内RNA-RNA互作是非编码RNA发挥功能的核心机制之一。在原核微生物细胞中,非编码小RNA通过十分简短且不完美的碱基互补配对识别靶标mRNA,其分子互作难以使用常规方法进行准确预测与鉴定。原核非编码小RNA具有重要的调控功能,在转录后水平控制众多靶基因的翻译表达,在细菌感染致病、抗生素耐药、营养代谢、压力应激、群体感...