3. 输入数据格式说明 输入数据为转录组测序得到的数据文件FPKM格式（或TPM或RPKM）数据，行为基因、列...
去除PCR重复序列，减少重复读数对分析结果的影响。提供多种过滤和修剪选项，如去除长度不足的读数、过滤掉...
整个过程,我们需要做的只是输入文件,设置参数,点击保存、运行。So easy,老板再也不用担心我做不了RNA-seq数据分析了。 参考文献 1. Huber-Keener K J, Liu X, Wang Z, et al. Differential gene expression in tamoxifen-resistant breast cancer cells revealed by a new analytical model of RNA-Seq data[...
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("DESeq2") 4.2载入数据及后续分析 把服务器中的gene_count.csv转移到电脑上,如D:/result/data/csv/文件中。然后把gene_count.csv文件的分组做好,处理和对照分开如下: RN5_4—RN8_4是处理组 RN...
RNAseq数据及临床数据做WGCNA数据分析 2474 已完结 ·共1课时 长期有效 详细讲述了如果使用R语言进行WGCNA数据分析发布者 关注 R语言分析作图 全网讲课讲的最细的R语言Up主 课程概述 评论(0) 适合零基础学习,适合 常见问题 Q:课程在什么时间更新? A:课程更新频次以页面前端展示为准。购买成功后,课程更新将通过...
先来谈谈为什么要做RNA-Seq。假设我们没有RNA-Seq技术,当我们看到经过某1个条件/刺激/处理以后,我们的研究对象,细胞,植株,亦或是可爱的小白鼠有了一些变化。这个时候我们通过观察和实验得到了1个判断: 当对A进行B刺激的时候会出现表型C。 当有了这个判断以后,正常的推理思路是,表型的出现很大可能是由于研究对象的...
置顶视频中提到的两个链接 https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/DESeq2/inst/doc/DESeq2.html#why-are-some-p-values-set-to-na https://support.bioconductor.org/p/76144/ 2022-12-04 21:521回复 IdyIIic 有没有人可以帮我解答下,limma到底可不可以做TPM,结果有啥影响嘛 2022-12...
第一,RNA-seq样本要不要设计生物学重复? 首先回答第一个问题。在测序刚刚兴起的蛮荒时代,由于过度迷信新一代测序技术的优越性和成本的确太高,导致了部分杂志编辑忽略了 “生物学重复”的重要性。但是随着测序技术应用的进步和成本的降低,杂志编辑也逐渐回归理性,对文章的要求不断提高,严谨的实验设计越来越会受到优秀...
使用DEseq2循环做多组间差异表达分析 当有多组RNA-seq数据时,有时需要对多个组合进行差异表达分析,例如当我有CIM0/CIM7/CIM14/CIM28四组时,我需要得到每个组合间的差异表达情况,CIM7:CIM0; CIM14:CIM0; CIM14:CIM7等。使用ANOVA的方式也可以进行多组间比较,但由于ANOVA是指定同一个CK,并且不能得到具体是...
目前的版本是1.1.4,可以看到红色框内部指出gfold软件特别适合当没有生物学重复的情况下的RNAseq的数据分析。该软件称尤其适合做无重复样本的差异分析,它对foldchange 的计算考虑到posterior distribution,即克服了pvalue评估显著性的缺点,同时也克服了 fold change 在评估低counts 数的gene时的缺点。