利用Excel中的条件格式功能做韦恩图 b) 也可以用现成的工具http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/ 这样 图B就做好了。 GO analysis 现在,我们已经把这些基因分类了,也Visualize了,其实这些炫酷的图基本没啥卵用的。也就是为了好看,告诉读者,我做了RNA-seq结果是这样的,给你看给你看,多好看啊!然而,读...
韦恩图是一张生信分析常用的图形，通过下面的在线工具，无需自己动手写代码，可以快速创建韦恩图。在线绘...
在RNA-seq项目中,每个椭圆表示一个比较组合(处理组 vs对照组)中的差异基因,椭圆重叠区域的数字表示对应的多个比较组合之间的共有差异基因个数,未重叠区域表示各比较组合特有的差异基因。可以通过与韦恩图对应的表格,可以看到比较组合共有和特有的基因信息。 聚类热图 热图以特殊高亮的形式显示访客热衷的页面区域和访客...
counts与txi的获取见RNA-seq入门实战(三):在R里面整理表达量counts矩阵和RNA-seq入门实战(二):上游数据的比对计数——Hisat2+ featureCounts 与 Salmon library(DESeq2)library("BiocParallel") #启用多核计算 ##构建dds DESeqDataSetif(T){dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = counts,colData = gl,des...
Pat1⽤于展⽰RNA-seq测序原始数据质量的图⽰ 当⼆代测序的原始数据拿到⼿之后，第⼀步要做的就是看⼀看原始reads的质量。如果⼀开始质 量就不⾏，后⾯什么分析都是在浪费时间啊！这⼀步常⽤的⼯具是Fastqc。通常，会以单碱基质 量分布图，ATCG含量分布图去展⽰原始数据的质量。01单碱基...
之前做过RNA-seq的分析，就是直接从SRA数据从头的上下游分析。目前有两种方法，一种是用现成的软件做...
首先是RNA-seq数据 链接是:ncbi.nlm.nih.gov/geo/qu GSM4514055 RNA-seq_Fli1KO_rep1 GSM4514056 RNA-seq_Fli1KO_rep2 GSM4514057 RNA-seq_Fli1KO_rep3 GSM4514058 RNA-seq_Fli1KO_rep4 GSM4514059 RNA-seq_Fli1KO_rep5 GSM4514060 RNA-seq_WT_rep1 GSM4514061 RNA-seq_WT_rep2 GSM4514062 RNA-...
mRNA-seq数据分析1. 使用fastQC及multiQC对原始测序结果进行质控2. bowtie2去除测序数据中rRNA --约去除0.2%的rRNA数据3. hisat2进行参考基因组比对 --全比对率高于94%证明测序数据质量较好4. samtools转换文件格式5. featureCount对基因表达数据进行定量6. 基因表达数据转化为矩阵(merge函数)7. 转换基因symbol进 ...
R语言做GO 数据 数据科学 数据格式 转载 架构师之光 2023-06-25 13:20:52 838阅读 RNA测序数据分析流程rna测序结果图怎么看 在RNA-seq项目中,常见的结果包括:火山图、韦恩图、聚类热图、log2(ratios)折线图、有向无环图、散点图、代谢通路图、蛋白互作图等。今天我们先来一起学习火山图、韦恩图、聚类热图和...
。。。剩下的就是富集分析,热图,韦恩图云云,这些是 TBtools 的经典功能,大伙自行摸索。 写在最后 哦对了,如何获取插件?请翻看推文《Plugin | 高速版插件商店!我又有一个绝妙的 idea》 另,感谢 RNAseq系列插件 众筹开发的各位老铁的支持,没有他们的物质支持和精神鼓励,我想我确实不会坚持写出来这系列的插件。