绘制进阶版Venn图—UpSetR包 2火山图绘制 火山图本质上是散点图的一种,因其外观形似火山(喷发),所以称为火山图。火山图是转录组分析中经常能够见到的一类统计图,常用于反映差异表达基因概况。例如肿瘤组织与正常组织相比,那些基因存在过表达或被抑制,可以是编码基因、蛋白表达水平,也可以是其它lncRNA、miRNA、circRNA...
根据参与集合数,可将venn图分为二集合、三集合、四集合、五集合等。 可利用R语言来实现,比如使用R语言中的 Vennerable package。 图示解释: 在RNA-seq项目中,每个椭圆表示一个比较组合(处理组 vs对照组)中的差异基因,椭圆重叠区域的数字表示对应的多个比较组合之间...
根据参与集合数,可将venn图分为二集合、三集合、四集合、五集合等。 可利用R语言来实现,比如使用R语言中的 Vennerable package。 图示解释: 在RNA-seq项目中,每个椭圆表示一个比较组合(处理组 vs对照组)中的差异基因,椭圆重叠区域的数字表示对应的多个比较组合之间的共有差异基因个数,未重叠区域表示各比较组合特有...
3. 如果样本具有递进关系,比如时间上,或者病情上,那么也可以分析表达模式(Expression patterns)来找你想要研究的cluster。 我选取的样本没有明显递进关系,找的paper的图 4. 如果你想看两个样本list之间的交集,可以用venn图来找到相应的基因 一些venn的方法做法: 或者是venny、sangerbox里的venn也很好用 5. 如果你想...
图8:MTA沉默草莓果实中m6A mRNA甲基化组变化。 Venn图描绘了MTA RNAi(RNAi-MTA)和对照的果实的三个生物学重复m6A-seq实验的m6A peaks重叠分析。 火山图显示与对照组相比,MTA沉默果实中的高甲基化(红色)和低甲基化(蓝色)m6A peaks。 b中所示的差异m6A peaks的m6A富集比热图。
先看Venn图 vennplot(list(rep1=rep1_narropeak,rep2=rep2_narropeak),by='gplots') 对拿到的peak进行注释,可以单个文件单个文件的注释,也可以写成列表的形式多个文件一起注释 # peak注释 rep1_peakAnno <- annotatePeak(rep1_narropeak, tssRegion=c(-3000, 3000), ...
用Venn图直观的反映靶基因:如果转录因子的功能是激活,就用下调表达的基因跟ChIP-seq看到的靶基因一起画Venn图,反之亦然; 用CistromeCancer找调控同一群靶基因的转录因子。 能画哪些图? 下面每个图3天都能画出来。 图1用RNA-seq和ChIP-seq判断转录因子的功能是激活还是抑制,详见这篇《ChIP-seq和RNA-seq整合分析...
图3 RNA-seq聚类分析热图 3. RNA-seq和ChIP-seq数据之间的Venn图重叠分析 ChIP-seq得到的与ABF1V 关联的3882个基因,通过Venn图重叠分析发现在ABF1V株系和WT-D中有242个OsABF1结合基因被上调。这些基因被认为是OsABF1直接调控干旱胁迫下的候选靶基因。
一些venn的方法做法 http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/ 或者是sangerbox里的venn也很好用 5 如果你想看你的样品的亲缘关系,你可以使用上面的层次聚类,也可以使用降维分析PCA的方法来看。甚至有些时候还可以通过PCA(主成分分析)的图观察到同类细胞的变化趋势,比如细胞可塑性。
5、绘制韦恩图 这里绘制两个样本的韦恩图,需载入VennDiagram包,准备差异表达基因的ID列表,gene_list_groupA.txt以及gene_list_groupB.txt。如需绘制多个样本的韦恩图,则需准备多个样本的差异表达基因的ID列表。 library(VennDiagram) listA <- read.table("gene_list_groupA.txt", header = FALSE) ...