韦恩图(维恩图)也叫文氏图,用于显示元素集合重叠区域的图示,常用圆或椭圆表示。根据参与集合数,可将venn图分为二集合、三集合、四集合、五集合等。 可利用R语言来实现,比如使用R语言中的 Vennerable package。 图示解释: 在RNA-seq项目中,每个椭圆表示一个比较组合(处理组 vs对照组)中的差异基因,椭圆重叠区域的数字
根据参与集合数,可将venn图分为二集合、三集合、四集合、五集合等。 可利用R语言来实现,比如使用R语言中的 Vennerable package。 图示解释: 在RNA-seq项目中,每个椭圆表示一个比较组合(处理组 vs对照组)中的差异基因,椭圆重叠区域的数字表示对应的多个比较组合之间...
3. 如果样本具有递进关系,比如时间上,或者病情上,那么也可以分析表达模式(Expression patterns)来找你想要研究的cluster。 我选取的样本没有明显递进关系,找的paper的图 4. 如果你想看两个样本list之间的交集,可以用venn图来找到相应的基因 一些venn的方法做法: 或者是venny、sangerbox里的venn也很好用 5. 如果你想...
用Venn图直观的反映靶基因:如果转录因子的功能是激活,就用下调表达的基因跟ChIP-seq看到的靶基因一起画Venn图,反之亦然; 用CistromeCancer找调控同一群靶基因的转录因子。 能画哪些图? 下面每个图3天都能画出来。 图1用RNA-seq和ChIP-seq判断转录因子的功能是激活还是抑制,详见这篇《ChIP-seq和RNA-seq整合分析,...
图例说明: 图5A:玉米气孔不同细胞类型/状态的标记基因的热图。图5B:bulk RNA-seq数据(左)和叶片基部snRNA-seq样本Cluster 11(右)的标记基因的Venn图。图5C:ZmMUTE突变体bulk RNA-seq数据中共享标记基因的表达热图。bzu2表示ZmMUTE突变体。比例尺 = 20μm。
(D) Venn图显示了通过RNA-seq鉴定的相对于肺或肝EC,脑EC中选择性富集的基因转录物和蛋白质的数量(FC>2,p.adj<0.001)和蛋白质组学(FC>1.4,p<0.05)。 (E) 维恩图显示了在转录物和蛋白质水平上富集在大脑皮层中的基因数量。 (F) 描绘在小鼠脑EC中在转录物和蛋白质水平上富集的基因(RP_23)的热图。基因...
2.用Venn图直观的反映靶基因:如果转录因子的功能是激活,就用下调表达的基因跟ChIP-seq看到的靶基因一起画Venn图,反之亦然; 3.用CistromeCancer找调控同一群靶基因的转录因子。 能画哪些图? 下面每个图3天都能画出来。 图1用RNA-seq和ChIP-seq判断转录因子的功能是激活还是抑制,详见这篇《ChIP-seq和RNA-seq整...
为了进一步揭示AvERF73的潜在DTG。Venn图分析发现,在"cellular response to hypoxia"和MVA途径中,AcNAC022和AcHMGS1基因为AvERF73的潜在DTGs。Dual-Luc实验发现AcNAC022和AcHMGS1与AvERF73蛋白呈正相关关系。据此推测,AvERF73调控了AcNAC022和AcHMGS1的表达。
一些venn的方法做法 http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/ 或者是sangerbox里的venn也很好用 5 如果你想看你的样品的亲缘关系,你可以使用上面的层次聚类,也可以使用降维分析PCA的方法来看。甚至有些时候还可以通过PCA(主成分分析)的图观察到同类细胞的变化趋势,比如细胞可塑性。
Venn图描绘了MTA RNAi(RNAi-MTA)和对照的果实的三个生物学重复m6A-seq实验的m6A peaks重叠分析。 火山图显示与对照组相比,MTA沉默果实中的高甲基化(红色)和低甲基化(蓝色)m6A peaks。 b中所示的差异m6A peaks的m6A富集比热图。 b中所显示的差异m6A peaks的分布特征。UTR,未翻译区;CDS,编码序列。