将RNA-seq数据与其他类型的全基因组数据集成，可以将基因表达的调控与分子生理学和功能基因组学的特定方...
6、使用Hisat2进行比对 RNA-Seq reads 由于不包含内含子，所以来自外显子边界处的reads被重新回基因组...
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("DESeq2") 4.2载入数据及后续分析 把服务器中的gene_count.csv转移到电脑上,如D:/result/data/csv/文件中。然后把gene_count.csv文件的分组做好,处理和对照分开如下: RN5_4—RN8_4是处理组 RN...
批量分析bulk-RNAseq data核心要点: 利用诺禾提供的lnd文件,对云盘里的数据进行批量下载,cp -d 云盘路径 服务器 随后将子文件里所有fq文件转移到统一文件夹,mv ./*/* 目的文件夹 利用ls | grep “?” 命令批量获取文件夹下的文件夹名称或者文件名称 利用for循环,for file in Name, 批量做mapping,${file}...
图1是RNA-seq数据从产生到分析的常规分析流程:根据实验设计,提取细胞RNA,并将RNA提交给测序公司,就可以坐等测序数据了。测序公司会根据客户提供的RNA进行建库,上机测序。 拿到测序数据后,就到了我们大显身手的时候了。首先,我们要对测序结果做个简单的质量评估,剔除低质量的数据。然后,根据基因组数据(这里我们讲的...
RNAseq数据及临床数据做WGCNA数据分析 2474 已完结 ·共1课时 长期有效 详细讲述了如果使用R语言进行WGCNA数据分析发布者 关注 R语言分析作图 全网讲课讲的最细的R语言Up主 课程概述 评论(0) 适合零基础学习,适合 常见问题 Q:课程在什么时间更新? A:课程更新频次以页面前端展示为准。购买成功后,课程更新将通过...
置顶视频中提到的两个链接 https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/DESeq2/inst/doc/DESeq2.html#why-are-some-p-values-set-to-na https://support.bioconductor.org/p/76144/ 2022-12-04 21:521回复 IdyIIic 有没有人可以帮我解答下,limma到底可不可以做TPM,结果有啥影响嘛 2022-12...
使用DEseq2循环做多组间差异表达分析 当有多组RNA-seq数据时,有时需要对多个组合进行差异表达分析,例如当我有CIM0/CIM7/CIM14/CIM28四组时,我需要得到每个组合间的差异表达情况,CIM7:CIM0; CIM14:CIM0; CIM14:CIM7等。使用ANOVA的方式也可以进行多组间比较,但由于ANOVA是指定同一个CK,并且不能得到具体是...
第一,RNA-seq样本要不要设计生物学重复? 首先回答第一个问题。在测序刚刚兴起的蛮荒时代,由于过度迷信新一代测序技术的优越性和成本的确太高,导致了部分杂志编辑忽略了 “生物学重复”的重要性。但是随着测序技术应用的进步和成本的降低,杂志编辑也逐渐回归理性,对文章的要求不断提高,严谨的实验设计越来越会受到优秀...
目前的版本是1.1.4,可以看到红色框内部指出gfold软件特别适合当没有生物学重复的情况下的RNAseq的数据分析。该软件称尤其适合做无重复样本的差异分析,它对foldchange 的计算考虑到posterior distribution,即克服了pvalue评估显著性的缺点,同时也克服了 fold change 在评估低counts 数的gene时的缺点。