在知道了测序的质量之后,接下要关注的就是不同样本之间、各个基因的mRNA的表达量的差异。 数据标准化(RPKM、FKPM、TPM、CPM) 统计比对到基因上的reads数即为counts,也就是测序原始表达矩阵,rawdata。但由于两大原因(不同样本的测序深度,不同基因的长度),直接用counts比较没有意义,因此需要进行标准化。RPKM、FKPM...
假设有两个不同组织(PR和SR),每个组织各区三个样本,一共六个样本,利用illumina平台进行转录组测序,得到双端测序数据。数据原始格式为.fq,共有12条测序数据文件(每个样本产生两条) PR1_2.fq PR2_2.fq PR3_2.fq SR1_2.fq SR2_2.fq SR3_2.fq PR2_1.fq PR3_1.fq SR1_1.fq SR2_1.fq SR3_1.fq ...
1、双端测序文件处理方式:一般是看作一个文件处理,我的处理方式是在fastp数据质控后merge。 2、校验数据的完整性——MD5校验md5sum计算检验MD5效验码。MD5(Message-Digest Algorithm 5)算法被用来验证网络文件…
而我们一般的RNA-seq测序数据分析流程算法,基本上都是基于short-read(短读长)技术所产生的数据文件 目前,我们可以从Short Read Archive(SRA)数据库获取的RNA-seq数据中,有超过95%的数据是由Illumina公司的short read测序技术所产生的 其分析过程可以用下面的路线图表示 Conesa et al. Genome Biology (2016) 该路线...
RNA-seq数据处理 生信初入门——转录组数据分析(一) 关于生信处理在下啥都不会,老师让我先从RNA-seq入手学习(听说这个最适合新手 0_0)。 手里有三个RNA-seq的双端测序数据:100cell_PBMC、1cell_PBMC以及对照组的scRNA_PBMC,均无重复。找出前两个实验组分别相对于对照组的差异表达基因。
使用的数据,双端测序数据clean data 1 &clean data 2 1、bowtie建库 bowtie2-build genome.fa genome_index (*.fa代表 要建库的文件名字,genome_index代表建库后的名字) 2、将read比对到基因组中 bowtie -q -S -t -p 20 -m 1 --best --strata genome_index input.fastq out.sam ...
下面整理了一下我做RNA-seq的流程，供大家参考。1.去接头。首先我们拿到二代测序（一般是双端）cDNA...
现在基本上都是利用的illumina平台进行转录组测序,illumina的测序文件中,一般采用双端测序(paired-end),一个样本得到的是seq_1.fastq.gz和seq_2.fastq.gz两个文件,每个文件存放一段测序文件。在illumina公司测得的序列文件经过处理以fastq文件协议存储为*.fastq、*.fq、*.fq.gz等fastq格式文件,分析转录组数据主要...
2. 如何识别数据是否为链特异性测序 这里需要使用一个软件RSeQC， 是一款用于RNA-seq数据质量控制的软件...
100种不同的应用。大部分应用都是基于Illumina short-read测序,但最近基于long- read RNA-seq和direct RNA sequencing (dRNA-seq)的方法可以帮助解决Illumina short-read技术处理不了的问题。 本文中,我们先熟悉'baseline'流程,用short-read RNA-seq技术分析DGE。先描 ...